第十七使徒被消滅後，基地恢復了平靜，但是暗地裡卻開始風起雲涌，而王羽卻在這一段時間除了指導舒暢就是修煉，日子一天天的過去，直到他收到國內的信號。
這天，王羽進入後一邊教導舒暢一邊說道“明天就是計劃開始的日子，你明天就一呆在家裡別出去。”
在一旁修煉的舒暢停了下來，“明天的計劃你能阻止嗎？，你可是要兩邊戰鬥啊！”
王羽笑了笑“爲什麼不能，別忘了我現在的實力，而且現在的劇情裡最主要的一環被我改變了，而且，那九臺EVA量產機我也不可能讓它們活着。”說道這裡，王羽眼中一陣寒光，當時在看動漫的時候，讓王羽憤怒了好久，這一世能進到這個世界，他當然要好好發泄一下。說完這一切後，就繼續跟舒暢一起修煉。
“首長，一切準備就緒，只等你下令了。”旁邊一個軍官跟王羽報告。
“德國跟美國那邊呢？”
“都已經準備好了，由我們進攻基地內部。”
“嗯！等下我先進去，除了作戰室裡的人跟幾個駕駛員，其餘的只要是武裝人員，全部殺掉。其餘的人只要是反抗，一樣殺掉。跟其他國家溝通，要等到我們的人全部進入基地後他們才能進攻基地外面的武裝。”不是王羽狠心，而是如果不殺掉，軍隊的人進去後可能出現傷亡，畢竟這次中國區的最高指揮官是王羽。
“是，首長。”
“我先進去了，一個小時後，你們準時進攻。”說完後，王羽就往基地進發。
進入基地後，王羽開始尋找凌波麗，明日香會坐上二號機沉入湖底，而碇真嗣的話，有自己的交代，也不會有事。
來到作戰室，王羽問律子“律子，知道麗去哪裡了嗎？”
律子見是王羽，“不知道，不過還沒來吧！”
見到凌波麗還沒來，王羽跟律子說道“哦！我知道了，等下他來後叫她去七號機那裡，我在七號機那裡等她。”
現在他要去七號機那裡做好準備，來到七號機這裡，王羽開始等待，差不多半個小時後，凌波麗出現在了王羽的旁邊。
“哥哥”
“嗯！你來了麗，”王羽沒有回頭，只是看着七號機。
“麗，你覺得現在的世界好嗎？”王羽想知道凌波麗對於這個世界的態度。
“嗯！”雖然凌波麗有了感情，但是時間還是有點短，不知道該怎麼表達自己的感受，而且她也不知道王羽到底是什麼意思，只是嗯了一聲來表達自己對這個世界的看法。
“那你真的喜歡碇真嗣嗎？”
凌波麗臉色一紅，卻沒有說話，
“那你覺得‘人類補完計劃’怎麼樣？”
凌波麗聽了以後一愣，不知道王羽到底想說什麼。
王羽接着說道“如果‘人類補完計劃’成功後，你跟碇真嗣還能像現在一樣嗎？”
凌波麗聽到以後臉色一白，知道王羽的想法了，他不想讓這個計劃完成，而且，自己跟碇真嗣如果在‘人類補完計劃’完成後雖然能夠一直在一起，但是卻缺少了真實感。
“我想讓你阻止這場計劃完成，我知道在完成補完計劃後還能選擇。但是，如果碇真嗣選擇的跟你想的不同的話，你還能跟他在一起嗎？”
王羽接下來的話證實了她的想法，她也思考着王羽後面的話，再想了想碇真嗣。心裡已經有了答案。
“我知道了，哥哥。”
得到凌波麗的回答後，王羽鬆了口氣，凌波麗是計劃中的最大的一環，如果他勸說失敗的話，就肯能讓計劃失敗，就算其他環節不出現失誤，如果讓凌波麗分莉莉絲合爲一體，到時候，王羽就沒有能力改變原有的結局。
“嗯，計劃就要開始了，我想碇源堂也要開始找你，你先去吧，我在這裡再等一會。”
“嗯！”
凌波麗走後，王羽就呆在原地，開始等待。
沒過多久，基地裡的警報聲響起,MAGI的其他型號開始入侵NERV基地。
“開始了！快點解決吧！。”王羽睜開眼睛，嘴角帶着一絲邪笑。展開精神力喚醒七號機，給它發佈命令。在基地把它發生出去後，就潛伏起來，等到量產機出現後，跟二號機一起消滅量產機，在平常駕駛的時候，王羽一直在給七號機灌輸着作戰意思，而且自己的一些刀法也灌輸給了它。
離開七號機來到作戰室，此時，碇源堂已經去最終教條了，王羽看着忙碌的衆人。嘴角一咧“各位，別這麼緊張，沒事的。”
聽到王羽的話後，衆人一愣，不知道他到底是什麼意思。而美里卻問“王羽，這到底是爲什麼？”
王羽雙手一攤輕鬆的說道“沒有什麼爲什麼，只是現在的世界還行，不想讓它改變而已，而且計劃完成後，那我們還是我們嗎？”
衆人聽後一愣，不知道王羽說的是什麼意思，都看着他。
知道他們不知道的王羽接着說道“看來你們還不知道NERV的最終目的是什麼啊！”
知道一點情況的美里卻問道“NERV的目的到底是什麼？‘人類補完計劃’是什麼意思，？”
“就知道你們完全不知道，那我就給你們說一下吧！”接着就把NERV的目的跟‘人類補完計劃’全都說了一遍。
聽到後的衆人都驚呆了，沒想到NERV的最終目的是這個。這也太不可思議了。
“這就是‘人類補完計劃’跟NERV的目的。創造一個讓人類完全迷失的世界。”
“好了各位，你們就在這裡好好等待吧，我已經跟外面的軍隊說過了，只要你們不反抗，就會無事，等到軍隊接受之後，你們就會完全自由了，我還有別的事就不待在這裡了，還有，等下二號機啓動後，給七號機也發一條啓動的信號。”在衆人不明白的眼神中離開了作戰室。
來到初號機這裡，王羽沒有準備奴役它，而是對着七號機體說道“碇唯，我知道你聽得見，如果想保證碇真嗣沒事的話，你最好就別動，如果可能的話，你還是有機會跟碇真嗣見面的，我保證。”
其實，以後初號機跟碇真嗣絕對沒有再次見面的機會，在這次作戰成功後，初號機就會被帶走，然後被封存，如果還有機會見面的家，那就是再來一次使徒入侵。還有一種可能，就是外星人入侵了。但這事可能嗎？
而初號機完全沒有動靜，只是當王羽準備離開的時候，初號機的眼睛突然亮了一下。
見到初號機的動靜，王羽沒有說話，只是腳步一頓，接着向外走去，嘴角出現了一絲微笑，接着往最終教條區走去。
此時，二號機在外面已經跟量產機交手，而見到這種情況的美里，先是一愣，不知道王羽是怎麼知道二號機會啓動的，而且是在明日香先前的那種情況下，根本就不能啓動二號機，但是想到剛纔王羽的話，她馬上叫人給七號機也發了一條信號，按理說，在沒有駕駛員的情況下，七號機根本就不可能啓動，可是才他們發完信號後，七號機就在衆人的目瞪口呆中啓動了。
而明日香看到七號機的出現後，馬上跟七號機通訊。可是完全沒有得到回覆。
作戰室的美里看到這種情況後，跟明日香說道“明日香，王羽沒有在七號機內，你現在的任務是跟七號機一起給我吧量產機給消滅掉。”
聽到美里的回答，明日香覺得不可思議，沒有駕駛員的EVA怎麼會啓動。但是她卻沒有說話，她此時的眼中除了消滅量產機，就沒有別的想法了，開始操縱着二號機配合七號機一起開始消滅量產機。
同時在最終教條區，律子、凌波麗、碇源堂、都已經到了。而且碇源堂跟律子已經對峙着，此時碇源堂已經用手槍指着律子，而且律子也因爲遙控器失效而死心的閉着眼睛。
“嘭！”一聲槍響，碇源堂對着律子開槍了，但是在子彈快要射中律子的時候卻突然偏了，從律子的耳邊擦過去，中間還帶走了律子的一縷秀髮。
“怎麼回事？”碇源堂不相信在這麼短的距離內，自己會打不中律子，接着連續開了幾槍，但是還是沒有一槍打中律子。
不敢相信的碇源堂繼續開槍，直到最後“咔咔咔…”
在這之前從沒有慌張過的碇源堂這一下子終於慌神了。
而在一旁的律子也不敢相信的看着碇源堂，她不知道碇源堂對着自己開槍後爲什麼沒射中自己。
只是，在一旁的凌波麗淡淡的開口道“哥哥來了。”
聽到後的兩人都是一愣，不知道凌波麗說的是什麼意思，只是沒過一會就明白了過來，在基地裡能被凌波麗叫哥哥的只有一個，那就是王羽。
從震驚中緩過來的碇源堂見到計劃出現了跟他想到的不一樣後，準備抓着凌波麗，立即開始計劃。可是，當他抓向凌波麗的時候，卻被一層看不見的牆擋住了。
“AT立場？”律子跟碇源堂同時不可思議的說道，在兩人震驚的眼神中，一個聲音傳入了他們的兒子。
“沒錯，AT立場”王羽的聲音從通道內響起。之後，就見到王羽從通道內走出來。