1945年8月15日日本投降時，荷屬東印度羣島的軍事職責落到了東南亞統帥部身上，但是就這個區域的大部分地方來說，東南亞統帥部接受該地區的職責只不過是一個月以前的事。
這個統帥部在1943年開始成立時，東印度羣島中唯一劃歸這個戰區的一部分是蘇門答臘。
荷蘭在東方的其餘領地都劃歸麥克阿瑟將軍的西南太平洋司令部下面的太平洋戰區。
然而，在1945年7月的波茨坦會議上，參謀長們把對整個東印度羣島的職責移交給東南亞統帥部——儘管據說荷蘭提出反對，其理由是美國長期以來準備控制該地區，而英國則沒有準備。
結果是，日本出乎意料地突然投降，使東南亞統帥部拿不出任何現成的計劃來履行其新的職責。
不僅如此，日本的投降迫使這個統帥部馬上在軍事上重新佔領幾乎整個東南亞，而他們過去認爲，重新佔領得通過軍事行動，要在十二個月內逐步完成。
然而現在的情況是：不僅印度尼西亞，而且馬來亞，泰國，印度支那和緬甸的一部分都要立即予以佔領。
這樣，日本的突然投降使得東南亞統帥部陷入了極大的窘境。
除了由於籌劃和調遣必需的軍隊去佔領東印度羣島的問題而引起的耽擱外，在9月2日東京正式接受日本投降之前，在這羣島上也不可能做出什麼切實有效的事
。
雖然七個同盟國軍官於9月8日空降到爪哇，以便就當地形勢提出報告，但是直到9月15日，東印度羣島代理副總督普拉斯博士才乘坐英國船坎伯蘭號到達巴達維亞的港口丹戎不碌。
直到9月29日，首批軍隊才登陸。那天，一個連的英國步兵上岸，但荷蘭軍隊尚未在現場露面。
這時，印度尼西亞共和國已經成立。
自8月7月日本人最初提出投降到15日最後投降這段時間中，日本人同意印度尼西亞獨立。
在此鼓舞下，蘇加諾博士和哈達博士於8月17日在巴達維亞宣佈了共和國的誕生。
第二天，曾由日本人於1944年4月贊助成立的獨立籌備委員會通過了共和國憲法。
這一文件的序言強調印度尼西亞的統一，而且第一條就宣佈印度尼西亞是一個單一的國家。
實際上，共和派人士的目的是要建立一個把整個原荷屬東印度羣島歸於一個政治結構的國家。
國家元首將是由人民協商會議選舉產生的總統，政府的實權將授予總統。
因爲協商會議雖然被稱爲權力機關，但它每五年才召開一次正式會議。
將有一個年閣和國務會議協助總統工作。另外還有一個人民代表會議。
不過國務會議和人民代表會議只有在一項補充的法律頒佈後才能成立，在未成立期間，總統在一個全國委員會協助下行使它們的權力。
結果是：權力將掌握在總統和由他本人任命的內閣手中，而由印度尼西亞全國中央委員會協助並監督，這個委員會是按總統的法令產生的，並於1945年10月被授予立法權。
這個委員會的委員由各政黨提名。這樣，名義上的憲法僅僅部分得到實施，但是這個文件體現了共和派領導人的政治主張和他們想建立一個包括整個印度尼西亞羣島在內的獨立的全民族共和國的決心
。
作爲一個臨時性措施，第一任總統由籌備委員會選舉，這個委員會選出了蘇加諾博士爲總統，哈達博士爲副總統。
籌備委員會還擬定了國家行政方案，在很大程度上恢復了日本佔領前所實行的制度。雖然印度尼西亞人替換了荷蘭的地方長官和其他官員。因而當英國軍隊第一次到達巴達維亞（印度尼西亞人稱它爲雅加達）時，共和國已經成立，並已在某種程度上治理國家。
同時，許多荷蘭僑民仍然留在集中營裡，他們原來是戰俘或被拘留的平民。
到那時爲止，唯一的變化就是看管他們的不是日本衛兵而是印度尼西亞衛兵了。
可以看到，東南亞統帥部的處境是很不輕鬆的。它佔領印度尼西亞的首要目標，就是要解除估計近三十萬日本軍隊的武裝，並把他們遣送走。其中大部分人是在爪哇和蘇門答臘，還有小批部隊分散在其他島上。
另外一個緊急任務就是要釋放和救濟估計近二十萬名戰俘和被拘留的平民。如果印度尼西亞人把英國軍隊看成是把自己從日本暴政下拯救附來的解放者，並希望儘快恢復戰前情況，因而英國軍隊受到印度尼西亞人歡迎的話，英國人的工作就一定會簡單得多。
但印度尼西亞人對待英國人根本沒有這樣一種感情。此外，英國軍隊實際上面臨的政治局勢，似乎是完全出乎意料之外的。
荷蘭人對其殖民制度的成就感到應有的自豪，並確信他們在東印度羣島執行的使命，使印度尼西亞人和他們自己都感到滿意，因而他們想重整旗鼓，繼續他們在1942年中斷的事業。
再則由於把這地區移交給東南亞統帥部的時間較晚，司令部缺乏情報，以致不能預見到其他情況。
因此共和國的出現產生了一個完全意想不到的因素。很明顯，在那個時期，如果說東印度羣島存在着一個政府的話，這個政府就是共和國政府。
從日本人投降到首批盟軍到達的六個星期中，日本人允許共和派完全控制這個國家。
儘管日本人有責任繼續控制這個國家，直到盟軍來接管爲止，但是他們把所有的公用事業，如廣播電臺、鐵路、郵政電訊、電話和發電廠，都移交給印度尼西亞人，這樣，整個行政和經濟機構就轉到了共和派的手裡
。
日本人違反了投降條款，把大量儲備的武器和其他軍事裝備交給了受過日本人訓練的青年運動人士，這些人就暫時成了國內除日本軍隊外的唯一的軍事力量。
這樣，共和國的實力地位也大大加強了，特別是掌握了無線電臺，使它有很大的有利條件在全世界進行宣傳。
確實，共和國的實際控制權並沒有超出爪哇、馬都拉和蘇門答臘部分地區。
雖然獨立運動已經擴展到其他島嶼，其力量相對來說還比較薄弱，然而共和國是當時存在的最近似政府的機構，盟軍司令除了和它謀求合作以外，很難找到其他途徑。
如果把共和國撇在一旁，而想在這個時期恢復荷蘭人的統治，那一定會引起很大的反感。
事實上，共和派向盟軍司令提出警告說，任何荷蘭軍隊登陸都將遭到武力抵抗。
荷蘭人事後認爲，如果當初在巴達維亞立即使用一點武力，可能在解決問題時對他們有利，但在此時此地，一種相反的意見佔了上風，即認爲推翻唯一現存的政府可能會引起混亂，這會危及盟軍想營救的內地的歐籍戰俘和被拘留者的生命安全。
他們還認爲，要是結果爆發一場內戰的話，戰俘和被拘留者的處境確是很危險的。
更有一種考慮是，對日戰爭當時已經結束，盟軍已無熱忱投入新的完全非意料所及的戰鬥，而且，這種軍事行動會招致一場內戰的種種恐怖。
此外，當時意識到，內戰的爆發會妨礙印度尼西亞經濟的恢復，而這點對世界其他地區都是非常重要的。
戰前，荷屬東印度羣島生產的奎寧佔世界出口的百分之九十，木棉佔百分之七十五，胡椒佔百分之八十，橡膠佔百分之三十七，還有相當數量的椰子樹產品、油棕樹產品、茶葉、錫、咖啡和糖，這些物資供應的中斷正在造成嚴重影響。
因此，當時採取的方針是促進荷蘭人和印度尼西亞共和派人士之間的談判，以期和平解決爭端。