貝爾摩得並不知道上頭了下了密令, 而她一直接到的密令是保護基德。
基德潛入了黑衣組織總部，琴酒也返身回了總部。在那個地方要解決一個基德太容易了，根本不用他動手, 組織的其他人就會解決了他。
總部的密室裡, 被關着一個人, 那個人有着花白的鬍子, 一雙眼睛雖然混濁卻又銳利, 似在休息的老鷹一般。
“你是基德？”老者緩緩的出聲。
“啊，我是基德。”基德一步一步走向老者，內心一點都不敢大意, 在這個地方，大意只能送命。
“琴酒還真是辦事不利, 讓他殺你, 竟然還可以讓你跑到這種地方來。”
“你就是黑衣組織的幕後BOSS吧。”
“哼, 是。”老者沒有過多的言語，手裡按了一個鍵, 四周升起了鐵柱，將基德困在了裡面。
“你認爲可以困住我嗎？”基德將手揚起，輕輕的打了一個響指，他已經不在屋子裡了。
老者使勁了辦法想要推門，卻發現推不動, 只能無奈的哼了一聲。沒想到他是養虎爲患, 如今被軟禁在這個密室裡, 還好他事前藏了被改造過的手機在這個密室裡, 不然還真拿那個人沒辦法了呢。
哼, 你膽敢篡位，我就殺了你兒子。當年我沒有殺了你, 真是一個失誤。
基德並沒有打算殺了黑衣組織的老大，反而是去通知了赤井秀一。如果是FBI的話，總是有辦法的吧。
灰原哀將解藥交給了工藤新一，“撒，吞了它吧。”
看到恢復了身體的灰原哀，工藤新一毫不猶豫的吞下了解藥。然後那撕心裂肺般的痛楚傳遍全身，隨即他恢復了他的身高，他不再是江戶川柯南，而是工藤新一。
裡緒收到基德的信息，打算去找個安全的地方藏身。基德說，黑衣組織的BOSS要殺他，爲了不連累裡緒，裡緒必須要將自己藏起來，卻沒有想到在路上走着打算找個安全地帶藏身的裡緒卻被琴酒的手下盯上了。
“OH~~小兔子再跑快一點啊，我真是興奮啊。”架起槍的女人，對準了裡緒的心臟，打算一槍斃命。
坐着車的跡部景吾感覺不對勁，他身邊的暗衛報告，周圍有紅外線，並朝着恢復了藤原裡緒模樣的裡緒而去，跡部景吾叫了司機停車，不顧現在還是紅燈，急忙衝了過去，一把推開了裡緒，消音槍在這個時候已經扣下了扳機，子彈打入了跡部景吾的手臂。
“跡部，你怎麼？”
“別說了，跟本大爺來。”不顧手臂上的傷，跡部景吾用另隻手拉着裡緒上了他的私家車，命令司機快速回家。
只要回到跡部家就安全了，即使是什麼神秘組織都不敢貿然的到他跡部景吾的家中行兇。行動失敗的女人不敢向琴酒報告，只得，切了一聲，讓開車的男人跟上跡部景吾的車，伺機再動手。
“跡部，你……”
“別說了，她來找我，要求我幫忙查你的事情，我查到一些東西，今天碰到是偶然。”跡部景吾忍着不住流出的鮮血安撫着藤原裡緒。
“謝謝你，要不是你剛纔推開我，我已經死了。”
“別說這些。”
裡緒被跡部景吾所救，而基德剛和恢復了身體的工藤新一以及灰原哀碰頭的時候，卻不料被琴酒和伏特加剛好碰到。
“很意外吧。哈哈哈，老大在你身上放了追蹤器。就是在那個密室。”琴酒將煙丟在地上，拿起了他手中的槍。
“沒想到你們還活着啊，工藤新一還有你雪莉。”
“啊，活的好好的。”工藤新一將灰原哀擋在身後。
“今天就死在這裡吧。”琴酒的槍已經上膛，扳下了扳機。
琴酒和伏特加兩人手上的槍聲響起，很意外的工藤新一和基德都沒有感受到任何疼痛，睜眼的時候卻看到不知道什麼時候灰原哀已經擋在了工藤新一面前，而擋在基德面前的是另外一個穿着怪盜標準裝束的，真正的怪盜基德——黑羽盜一。
“父、父親。”
“快鬥，你真的長大了。”黑羽盜一很欣慰的說了這一句話，便將眼光移向了門外。
“你輸了。”黑衣組織真正的老大，被囚禁在密室的那位老者此刻慢慢的走了進來。
“啊，我還是棋差一招，不過你認爲我什麼都沒做嗎？在來救我兒子之前，我就已經將黑衣組織的所有信息發佈在網絡和媒體上，大概現在FBI已經去了總部吧。”虛弱的笑了笑，伏特加打入他身體的子彈嵌在心肺上，黑羽盜一知道，這一次他是真的要死了。
“父親，別說話，我送你去醫院。”
“不用了，快鬥。我並無意讓你追查這些事情，但是你陷進來，我只有讓貝爾摩得保護你，拼命的拉你進去，以爲可以保護你，結果還是棋差一招。”
“不，父親，父親。”
“哦，看來有大收穫啊。”赤井秀一的聲音忽然從倉庫大門口響起，他扛着一把槍，身後跟着幾名FBI的探員。
那天，最後的結局便是赤井秀一負傷，跟他來的幾名FBI探員全部死亡，黑羽盜一和灰原哀因爲被子彈打中心肺而死亡，伏特加死亡，琴酒和黑衣組織的老大卻逃走了。
灰原哀在最後合上眼睛的時候，對工藤新一展開了一抹豔麗的微笑，“真好，我可以把你還給你的天使了。”
摟着灰原哀逐漸冰涼的身體，工藤新一什麼話都說不出，只是默默的呆在了一邊，基德的樣子也並沒有好太多，只是將自己的父親帶走，然後和裡緒聯繫上，最後消失的乾乾淨淨，彷彿那個怪盜基德只是人們的臆想一般，不再出現過。
三年後，太平洋上的某個島嶼……
“我還是喜歡這樣的生活。”和黑羽快鬥共乘一個滑翔翼，腰身被快鬥牢牢抱住，藤原裡緒看着一望無垠的大海，嘴裡輕輕的哼着歌。
“啊，這樣的生活很好，你那些朋友怎麼樣？”
“美和子和跡部訂婚了，那位大偵探也和他的青梅竹馬訂婚了。”
“啊，這的確很好……”
兩抹白色的身影劃過天際，滑翔翼帶着他們的笑聲，消失在太平洋彼端的海岸線上……
魔術師用着他們華麗而張揚的步伐，舞蹈出他們精彩的人生。