在1870年早春，當回民軍從甘肅向陝西掃蕩時，左宗棠被降了3級。將近1年以後，當金積堡已被攻克，他又官復原職。不過，他在北部的最終勝利似乎並沒有引起重視。相反，這一年中對他的批評不斷，在1871年春季竟然達到了頂峰。完全可以說，他成了批評排炮猛烈轟擊的對象。
一位成功的將軍，在取得一場大捷以後，立馬成爲攻擊的標靶，這種現象在其他國家也曾發生。在美國曆史上，南北戰爭的曬羅之戰結束後不久，斯科特將軍就奉命到墨西哥城接受法庭訊問，格蘭特將軍則被解除了指揮權。
左宗棠的罪名是一敗塗地，虛報勝仗，他所報告的勝仗若非子虛烏有，便是敗而報捷。批評者說，他已年邁體衰，對回民一無所知，手段粗魯，逼迫西北的百姓造反，虛耗國庫，靠他是無法把造反平定下去的。對他的指控中，惟獨沒有貪污公款這一條。左宗棠最強硬的對手從來未能指責他從公款中攫取一個銅板據爲己有。和西方國家一樣，這種情況在東方也會發生。這只是表明了湖南將領一個共有的特性。
這些批評對左宗棠的打擊是沉重的。1871年早春，他給友人王子壽寫信說，甘肅戰役肯定就是他自己的末日。他說自己身體衰弱，滿頭白髮，牙齒幾乎掉光了。他知道人們在攻擊他，把他說得一無是處。他並不在乎人們的指責，但他擔心自己在大業完成之前死去。如果他死在徹底鎮壓造反之前，他死後會遭到誹謗，請友人爲他作傳正名。［1］在另一封信中，他講述了自己的健康狀況，說他在征戰浙江期間所患的瘧疾和痢疾，一直沒有痊癒。他說，他知道人們說他已經衰老得不能打仗，還有一些人巴不得他早點死去。不過，他不會容許自己把這些放在心上，因爲國家正在危急關頭，鞠躬盡瘁是他的責任。［2］
這是左宗棠一生中的困難時期。1870年春天，他在甘肅處境不利，愛將陣亡，妻子又在3月份去世，更是雪上加霜。一時之間，身體病衰，喪友之痛，亡妻之哀，作戰失利，計劃中斷，謗議四起，全部砸到他的頭上。一切都在考驗他的意志，但他毫無在壓力下崩潰的跡象。他很沮喪，但沒有失去理智。他挺下來了，頑強地執行攻取金積堡的計劃，一直堅持到這個目標實現。他的計劃沒有偏差，他把馬化龍當作甘肅最危險的對手是正確的。消滅馬化龍絕沒有爲甘肅帶來和平，但是朝着這個方向邁出了一大步。
1871年初，南部的甘肅清軍譁變。兵變發生在岷州，牽涉到5000名官兵。左宗棠對甘肅清軍素來評價不高，此事令他對這支部隊評價更低了。他堅決地鎮壓了這次兵變，處決了所有首領和首領嫌疑人，遣散了幾支隊伍。他把周開錫派作甘肅清軍的總司令，但周開錫上任不久就發生了兵變。周開錫受到不少批評，指責他治軍過於嚴厲。周將軍打算辭職，左宗棠向他保證：對他所辦的事情完全滿意，他必須繼續擔任總司令。不管兵變與此事有無關係，周將軍已經來日無多，於7月份在甘肅病逝。他曾在福建與左宗棠同事，左宗棠對他無比尊重。
天子再次對這場戰爭經久未決耐不住性子，向左宗棠提出一些尖銳的問題：爲什麼甘肅的事情未能更迅速地解決？他在質問中提出了一些證據，都是基於非官方或非本職官員提供的有關甘肅事務的信息。對於作戰遲緩的指控，左宗棠開始變得敏感起來。他寫了一份長篇奏章回答皇帝，要是在乾隆時代，他這樣做肯定會遇到麻煩。
左宗棠說，在甘肅，極難就所有正在發生的事情獲得準確的信息。他已經得出一個結論：凡是從距離他的大營100裡以外的地方送來的報告，幾乎都是不可信的。他認爲，在北京那麼遙遠的地方，要從流言與非官方的報告中獲得有關甘肅局勢的準確信息，那就更是難上加難。他接着寫道：
……尤賴朝廷主之於上，浮詞無能熒惑聖聰，臣得一意仔肩，得支全隴敗壞殘局，不致因多所顧忌易其初心。然曾參殺人，慈母投杼，樂羊敗敵，謗書盈篋，古已有之。臣固不敢援此以自解。
竊維軍事尚質實，忌虛浮。虛浮之弊，起於訛誤者有之，起於意見者有之。臣忝預軍事十餘有年，敗仗則報在人先，勝仗則報在人後，已經戡定地方，從無大股竄踞，重煩兵力之事，蓋愚拙之效可睹者如此。……
在同一份奏摺中，左宗棠敘述了一個事實：朝廷多次就他已經詳細奏報過的事情提出質詢，令他懷疑朝廷只是粗略地瀏覽了他的那些奏報，或者根本沒看。
左宗棠是這樣一個人，不會容許健康不佳、家庭有難或備受指責改變他的計劃，或者導致他失去目標。在金積堡的回民軍被肅清以後，他立刻着手準備攻取第二大回民軍堡壘——河州。一如既往，他準備周密，部署有方。河州回民軍由“舊教”首領馬佔鰲指揮。
當征戰漸漸向西壓逼，從陝西和金積堡逃出的回民軍餘部尋求河州回民軍的保護，於是這一地區的回民軍力量爲數可觀。甘肅東部有數不清的小股回民軍四處遊擊，左軍實際上無法防止這些小股部隊滲透到自己的後方。左宗棠充其量只能在各處要隘派駐勁旅，努力防止這些敵對武裝集結。這就需要動用他相當大的兵力，而活躍於已經延長的交通線上的小股敵對武裝軍，又進一步牽制了部署在交通線上的部隊。何況他還在甘肅東部的各個地區隔離了幾萬名回民，必須加以看守，因爲他們隨時可能起事，並加入遊動的敵對武裝。
在1871年春季和夏季，左宗棠最關注的事情是清剿東部各地的小股敵對武裝。與此同時，他致力於建立起足以支撐幾個月的供給儲備。到了夏末，他已經成功地肅清了後方，可以開始集中兵力進行河州戰役。8月下旬，他在靜寧建立大營，幾天之後，於1871年9月16日前進到安定。
安定正西有一條道路通往河州，直線距離約爲80英里。此路西行大約一半處，就要在康家巖村渡過洮河，該村座落在洮河右岸。在洮河至河州之間，羣山連綿，高出洮河河谷3500英尺。通往河州的道路向西穿過一條狹窄的峽谷，必須通過太子寺城堡這一關。這個關隘的位置，處在康家巖與河州的半路上。
馬佔鰲1年多以前就意識到他遲早要跟左宗棠的部隊交手，他已經部署了河州通道的防禦。在康家巖對面的那條小山溪口上，他在兩邊都修築了工事，兩處工事都配備了許多門古炮。距離渡口約4英里處，有一個名叫三甲集的小圍鎮，小山谷在這裡變成了一線天。這座圍鎮也修築了防禦工事，而在渡口與三甲集之間，馬佔鰲還修築了跨越山谷的三線壁壘。從三甲集到圍城太子寺的距離大約14英里，道路伴着一條小山溪延伸，兩邊是懸崖峭壁。沿路修築了大量壁壘。太子寺有一條小路急轉向東，沿大路以北延伸大約5英里。在這條支道的東頭，有一條人跡罕至的小路從大路分岔出去，向北延伸，在太子寺再次與大路會合。這條支道叫做董家山，是太子寺的咽喉。董家山和關口都有回民軍重兵把守。這就是馬佔鰲針對左宗棠所做的防禦部署，目的是阻止左軍開進河州。
上一年6月，南路左軍已經開抵渭河河谷的源頭，越過分水嶺，佔領了洮河右岸重鎮狄道，在安定－河州大道以南約15英里處。左宗棠當時忙於攻取金積堡，同時籌備向河州進軍，所以沒有命令部隊再往西進。在進軍之前，左宗棠在金積堡地區駐屯了5000兵力，並在中衛－海城－固原－平涼一線部署了9500人。蘇佔彪的6000人奉命從中衛前往甘州解圍，並前往肅州作戰，這樣可以防止肅州回民軍增援河州。蘇將軍本人沒有跟隨部隊前往，而是奉命從黃鼎的部屬中組編一支5500人的隊伍，從中衛南下，開到安定。一到安定，他便北返，去率領他自己的部隊。從安定到西安之間，所有城鎮的官道都有重兵防衛，因爲這是左宗棠的主要交通線。甘肅東南部的徽縣、兩當及鄰近城鎮有大部隊駐守。看來左宗棠現在要從嘉陵江上游的四川獲取一些供給了，這支部隊是爲了保衛他的輔助路線。《年譜》沒有指出左宗棠用於進攻河州的實際兵力，據估計在1.5萬人到2萬人之間。
駐紮在狄道的南路軍得到了強有力的增援，1872年9月下旬，左宗棠開始向前推進。安定與洮河之間的羣山之間，回民軍擁有相當多的兵力，左宗棠從安定派出兩路部隊，肅清洮河以東地區。回民軍沒有進行有力的抵抗。幾次小戰之後，兩路部隊在康家巖會師。到10月1日，左軍佔領了康家巖，肅清了通向安定的道路。下一個問題就是渡河了。
洮河水深流急，兩岸峭壁，渡口稀少。河流沒有淺水區，必須搭建浮橋，而尋找所需的船隻需要一些時間。水流太急，要把浮橋固定在敵岸絕非易事，必須非常小心。直到10月31日，左宗棠才做好渡河的準備。他在狄道建了一座浮橋，派出一路兵力渡到左岸，他們的任務是沿河而下，協助在康家巖渡河的主力。
左宗棠的大炮不費事地摧毀了回民軍封鎖渡口的兩座工事。浮橋延伸到對岸，從狄道開來的部隊向回民軍側翼發起猛烈攻擊，掩護大部隊渡河。回民軍進行了頑強抵抗，而左軍的築橋部隊低估了水流的力量。大部隊只過了一部分，浮橋就分離了，船隻順流漂下。浮橋斷裂時，許多士兵溺水。狄道部隊被堵了回去，已經過河的官兵得不到援助，被趕到了河裡。從回民軍手中逃出的官兵淹死了，幾乎無人返回康家巖。陣亡者當中包括兩名總兵，相當於少將。河州戰役以左軍大敗拉開了序幕。
如果左宗棠的炮兵略爲了解大炮在這種情況下所具有的戰術價值，洮河渡口的失敗或許能夠部分挽回。我們知道他擁有一些德國和中國新造的大炮。左宗棠說他的炮兵還未掌握這些新炮的操作，這表明他自己也沒能充分了解新炮的用途。那時人們總以爲新炮是用於轟擊城牆、建築物和固定目標的工具。中國人似乎沒大注意到，大炮也能用於轟擊大羣的敵軍。不過，左軍落敗的真正原因是浮橋的斷裂，而不是戰術上的失誤。