就在萬曆親政後不久，遼東一個二十五歲的年輕女真人也開始登上歷史的舞臺，幾十年後，這位女真人將給萬曆帶來很大的麻煩，而他所建立的後金，最終取代了明朝。這個年輕人的名字叫努爾哈赤。
遼東問題由來己久，明朝成立之初，派兵將蒙古人驅逐出東北，並將領土擴展到遼東地區，然而遼東地廣人稀，又沒有長城的保護，蒙古人站穩腳跟之後，就經常來劫掠一番。
朱元璋爲解決此問題，採取的方式是建立宗藩，進行移民，強化遼東。
而通過造反取得皇位的朱棣以己爲鑑，擔心強藩在身後，會危脅皇權，因此他撤銷了朱元璋在遼東的封藩，進行了戰略收縮，僅在遼東佔據了一些戰略要地。
與此同時，朱棣採取“以夷制夷”的戰略方針，扶持馴化南遷的女真人，將他們納入自己的麾下，利用他們作爲抵擋蒙古人的盾牌。
明朝安放女真人的大筐子是衛所，具體做法就是封女真人頭領爲衛所官員，將其統治合法化，並採用朝貢（實際上是女真以少量物質換取明**大量賞賜）的方式對其進行補貼。
對於明朝來講，此舉既馴服了女真人，又加強了抵禦賜蒙古人的力量，一舉兩得，不過朱棣沒有想到，此舉還是引狼入室，二百多年後女真人導致了明朝的滅亡。這是後話，暫且不提。
對於野蠻落後的女真人來講，通過衛所與明朝確定關係後，搖身一變，成了天朝上國的公民，生活水平得到提高，還能獲得賞賜，十分便宜。
最早南遷的是住在牡丹江和松花江交匯處的女真人兩個部落——胡裡改部和斡朶裡部。
其中胡裡改部南遷到綏芬河流域的鳳州地區，其首領阿哈出萬戶到明廷朝貢，明成祖朱棣在胡裡改部設置建州衛，任命阿哈出爲指揮使，賜姓名李誠善，建州女真由此得名。
斡朶裡部遷到斡木河（今朝鮮會寧）一帶，後受到朝鮮的驅逐也來到鳳州，明**增設建州左衛，封其部萬戶猛哥帖木兒爲指揮使，猛哥帖木兒就是後金建立者努爾哈赤的祖先。
明宣宗宣德八年（1433年），建州左衛因給明朝效力受到蒙古人毀滅性打擊，猛哥帖木兒被殺，長子權豆被殺，次子董山被俘。此後其弟凡察繼續掌管建州左衛，不久董山被贖回。
1442年董山和凡察爲爭奪建州衛指揮使的位置鬧到明中央**，明**根據歷史和現實分建州左衛，增設建州右衛。與建州衛合稱建州三衛。
與此同時，海西女真也因受到野人女真和蒙古人的侵擾不斷南遷，嘉靖時期定居在開原以東以北地區，形成葉赫、輝發、哈達和烏拉四部。
建州女真和海西女真在明朝中期定居以後，吸收了漢族先進生產力和先進文化，生產力得到發展，勢力不斷壯大，逐漸走上了蒙古人的老路，不時對明朝劫掠。明朝對女真的態度也逐漸由利用轉變爲遏制。
明朝遏制女真人的方式有二：一是軍事打擊，二是經濟封鎖。
如果某個部落不太聽話或是比較強大，明**就實行槍打出頭鳥，揮舞軍事和經濟大棒對其進行“瘦身”。
除此之處，明朝實行以夷制夷的政策，對女真人採取分而治之，使其內部分裂，互相牽制，互相仇殺，以坐收漁翁之利。
建州女真離明朝最近，雙方也最早產生磨擦。
土木堡事變後，建州女真不太聽話，明**先是採取經濟手段進行遏制，於是其首領董山帶兵在遼東地區進行搶劫。成化四年（1467年）四月，明廷以朝貢爲名誘殺董山。九月，明朝和朝鮮聯合進攻建州女真，建州女真受到沉重打擊，力量大大削弱。
此後雙方維持了較長時期的和平，經過一百多年的休養，建州右衛在渾河上游、建州衛在豬婆江又重新壯大。明**再次採取限制措施，引起了建州右衛首領王杲的不滿，隆慶時期，王杲多次打敗明軍，遼東形勢危急。
同時，海西四部的力量也強大起來，其中以哈達部最爲強盛，海西各部都服從哈達部首領王臺。