還有一場更加嚴重的叛亂，爆發在太湖沿岸。這裡是江南的主要糧食產區，南京朝廷緊急攤派的附加實物稅也格外沉重，再加上各級稅吏和鄉間縉紳的層層加碼，當地農民哪怕買兒賣女也是繳不起官稅了。
於是，在官府瘋狂的催逼之下，湖區附近的一些農民和漁民首先開始了逃稅運動，這批人紛紛藏匿了最新收穫的糧食，划着小船逃到太湖中央的幾個島嶼上，拒絕與徵稅的衙役和收租的地主管事進行接觸。
對此，勃然大怒的官員們立即組織了衙役和壯丁，划着小船過去進行清剿，結果當問題發展成武裝衝突之後，事情就變得愈發不可收拾，經過幾次小規模的戰鬥，諸如漕幫餘孽、太湖水匪、聞香教殘部，甚至浙軍潰兵之類三教九流的江湖人物，紛紛加入暴動。到了八月中旬，這些太湖亂黨不僅打垮了官府的追剿，甚至還糾集數千之衆，靠着裡應外合攻破了太湖西岸的宜興縣，又大肆劫掠太湖南岸的湖州府！
在此之前，爲了防止內部火併，太湖沿岸的十二家水寨頭領就已經於西洞庭山島舉行會盟，推舉出一位姓蘇的盟主，或者說“總瓢把子”。據說還有澳洲髡賊的特使參與此次盟會，並且給太湖匪軍賜名爲“十二連環塢”。出於爭取外援的考慮，蘇盟主欣然接受了上述名號，太湖羣匪一時間聲勢愈盛。
直到這個時候，如夢初醒的南京朝廷纔開始針對太湖匪區調兵遣將，佈置清剿事宜，但由於一層層的請示文書往來，等到長江水師進入太湖開始鎮壓的時候，距離事發已經過去了足足三個月。不過，南京朝廷這次絞殺農民暴動的行動，倒是得到了環太湖地區廣大地主的強烈擁護，事實上，在最當初這些農民發起抗稅暴亂，聯合各路江湖人物打退官軍的時候，附近周邊地區的地主以及富農就驚恐萬分，不少人甚至未雨綢繆地收拾細軟準備逃難，畢竟南邊杭州地區的農民，已經在澳洲髡賊的唆使下，大肆殺士紳、分田地。由於沒有得到工作隊的指導，這些農民自發的土改行動搞得異常血腥，動不動就是舉家滅門的慘案。
所以當長江水師開進太湖的時候，居然結結實實的享受了一把簞壺漿食的感覺，有了主心骨的地主縉紳，不僅忍痛拿出大筆糧秣銀錢犒勞軍士，還組織起一支規模不小的民團前來助戰。於是戰鬥還未打響，朝廷官軍除了獲得不少給養之外，還憑空多出了足足三千兵馬。
遺憾的是，接下來的戰事卻並不順利。儘管長江水師此次表現甚是賣力，不但只用一天時間就收復了失陷的宜興縣城，還再接再厲，繼續向着“十二連環塢”水匪盤踞的島嶼私港進攻。然而“十二連環塢”的水匪也絕非庸手，不但勇敢駕駛着舢板對官軍水師發動了自殺性攻擊，而且還進行了頗有技術含量“火船”夜襲，一口氣燒燬官軍船隻上百艘。而當地縉紳大戶募集鄉勇團練，雖然戰鬥意志頗爲不錯，可是在比較有技術含量的水戰方面，卻實在不是漕幫這等“專業人士”的對手。結果，由於水戰屢屢失利，一直無法登上“十二連環塢”水匪盤踞的島嶼，官軍陣營的人數優勢始終發揮不出來，只能站着岸邊望水興嘆。
更要命的是，得知太湖戰區的軍情之後，杭州的髡賊雖然沒有自己出兵策應，卻驅動海寧衛的叛軍，從東南方進逼湖州，作勢要攻打湖州府城，於是徹底打亂了官軍的清剿計劃。湖州和嘉興的鄉勇只得倉促返回各自的家鄉禦敵，而長江水師也只得滿足於收復宜興的戰功，在桅杆上掛着一串人頭“凱旋”而歸。
結果，征討太湖的官軍方纔撤退，“十二連環塢”的水匪就捲土重來，不但又一次攻入殘破不堪的宜興縣，更攻下了浙江的長興縣，又寇掠蘇州府，堪稱是狠狠地打了一回朝廷的臉。
好在如今這個南京永和帝小朝廷的臉面，早已被打得跟豬八戒相差無幾，也就不在意這幾下耳光了。
無論如何，儘管這江南之地已是四面生煙八方起火，但靠着拆東牆補西牆的調兵遣將，以及不計後果的血腥屠殺，內閣首輔周延儒總算還是勉強把這一番亂局給彈壓了下去。
然而，那些不值錢的草民，固然可以隨意打殺。可領頭挑唆民變的儒生，尤其是身上帶着功名的秀才舉人，朝廷一旦狠下辣手屠殺起來，頓時就彷彿捅了馬蜂窩。如今這會兒，雪片般的彈劾奏章已經堆滿了內閣班房，個個都是破口大罵周延儒這個內閣首輔的。有人叱罵他“戕害士人、有辱斯文”，“扼殺文風、殘暴不仁”，有人進諫說“自古刑不上大夫，士人縱有小過，亦當寬宥。豈可縱容粗鄙武夫誅殺國家棟梁，與焚書坑儒何異？”話裡話外都是一個意思：周延儒你已是這般罪惡滔天，還不快快下臺？
對此，周延儒當真是又好氣又好笑，又鬱悶又心酸：如今這朝廷都是一副什麼爛攤子，你們這些御史言官又不是不知道，居然還要掀起新的倒閣風潮？莫非真的不怕覆巢之下、無有完卵麼？！然而，經過一番溝通之後，對方的態度似乎還真的是“生命不息、倒閣不止”！因爲這就是他們的全部人生意義！！！
“……此輩書生何罪？妖言惑衆，上違國法，蟻聚奸民，下誤蒼生。舉米珠之光，妄奪日月，逞螳螂之斧，輒敢逆天！而今之勢，宜殺一警百，懸奸賊之首，懾江南羣醜，明犯朝廷者，雖衆不宥！”
他氣哼哼地如此提筆批示道，又將刑部呈報待罪的百餘名搶米奸民盡數勾決，預備儘快擇日處斬，然後伸了個懶腰，正想休息片刻，卻突然聽得外面一陣騷亂，隨即便有一名親信氣喘吁吁地跑了過來，手裡抓着一張髒兮兮的榜文，口中還不住地叫嚷着：“……禍事了！禍事了！崇禎廢帝發檄文要討伐南京了！”
周延儒霎時間倦意全無，“嗖”地一下跳了起來，劈手奪過那張榜文展開一看，頓時不由得雙眼一黑。只見那上面赫然寫道：“……朕仰觀俯察，正當伐暴救民，順天應人之日也。爰率文武臣工，共襄義舉，卜取崇禎六年九月十一日，郊祭天地，檄示布間，告廟興師，剋期進發。調集水陸官兵八十萬員，御駕親征，自武昌順流而下，直搗金陵，與留都一干逆賊僞帝會獵於江南！出銅鴕於荊棘，奠玉灼於金湯，義旗一舉，響應萬方，大快臣民之心，共雪天人之憤。振我神武，剪彼囂氛，宏啓中興之略，踊躍風雷，建劃萬全之策，嘯歌雨露，倘能洞悉時宜，望風歸順，則草木不損，雞犬無驚；敢有背順從逆，戀目前之私恩，忘天下之故主，據險扼隘，抗我王師，朕即督大軍，親征蹈巢覆穴，老稚不留，男女皆誅！
若有文武生員，精習兵法，通曉地理，不妨獻策軍前，以佐股肱，自當量材優擢，不吝高爵厚封。各府縣官員，果有潔己愛民，清廉素著者，仍任原職。所催徵糧谷，俱封儲倉庫，印信冊籍，可解軍前。其有未盡事，宜另頒條約，各宜凜遵告誡，毋致血染刀頭，則寡人幸甚，天下幸甚！”
看着這一排排殺氣瀰漫的文字，手中這薄薄的一張紙，在周延儒的感覺中卻彷彿有千斤之重……如此呆立了片刻之後，左右侍從正感覺周延儒有些不對，想要上來查看，卻看着這位首輔大人“哇”地吐了一大口血，整個人癱倒在了桌案上，“……完了！完了！實在是不應該當這個首輔的！真是悔不該當初啊！”
只是，周延儒畢竟也知道自己是犯下了謀反叛國大罪，根本沒有了半點退路，在嚎哭發泄了一會兒之後，終究再一次提起了精神，開始佈置對策：“……速速草擬公文，催促呂維祺回師南京，預備西征禦敵！然後召集衆臣，開朝會議戰！無論如何也得讓他們把錢糧給湊出來！大家是生是死，就都看這一回了！”
崇禎六年九月十一日，崇禎帝攜文武羣臣，於武昌行營設壇，祭告天地祖靈，然後下詔討伐南京一干僞帝逆臣，預備禦駕親征江南。有老臣進諫曰：堂堂天子，怎可輕動？天子之責，在於修身立德，以仁義教化萬民。不在於浴血沙場，與武人爲伍。貿然親征，成何體統？帝答曰：如今天下分崩，兩京陷落，祖宗陵寢都已落入賊手，勳貴文武皆多有附逆者，豈是修身立德之時？朕如若再不御駕親征，只恐不日便將刀斧加身矣！於是盡發湖廣之師八萬，號稱八十萬，水陸並進，齊頭東征，一時間東南半壁震動。
二十五日，帝駕入九江，江西全省震恐，自江西巡撫、布政使以下，大小官員皆趕往九江覲見，宣誓效忠。崇禎帝遂於九江設行營，坐鎮九江安撫民心、徵集糧秣，以爲征剿江南大軍之後盾。同時拜兵部尚書盧象升爲主將，統領全軍繼續進兵南直隸。二十六日，南京朝廷亦下令留都戒嚴，同時悉數調集江南兵力，着兵部尚書呂維祺統領，趕往上游迎擊來敵，眼看着東西兩軍一場決戰在即。
十月初三，西軍先鋒王鬥所部水陸並進，攻入南直隸地界，一路所向披靡。懾於崇禎帝皇明正統之威，安慶知府及下屬各縣縣令盡數倒戈易幟，西軍兵不血刃而下安慶。池州、廬州各縣亦是膽寒戰慄。
西軍主帥盧象升聞訊，亦發動大軍，趕往安慶督戰。西軍諸將皆嫉妒王鬥屢屢告捷，深受帝寵，盧象升亦欲獨攬克復金陵之功。遂於安慶府衙升帳合議，以徽州有數營浙兵駐守，恐威脅大軍後路爲由，遣王鬥所部棄船登陸，遠離長江，南下翻山往攻徽州。王鬥悻悻然領命，點兵三千登陸往徽州而去。
此時，東軍主帥，南京兵部尚書呂維祺盡發江南之兵，糾集東軍七萬餘人，然部衆良莠不齊，自出京以來，日行不過十餘里，才抵蕪湖，便得知江北安慶一府已然盡數降敵，江南池州府各縣也是十分可疑，多有投敵之謠言傳出。呂維祺遂頓兵於蕪湖，不敢再進，而是就地紮營佈防，預備阻擊上游之敵。
十月十二日，盧象升率西軍主力破池州，進抵蕪湖，爲東軍營壘所阻，兩軍決戰一觸即發……