傍晚時分，天京城裡殘陽如血，街道兩旁不時見到倒下的屍體，有些人是缺糧餓死的，天京城裡的大鍋飯，導致糧食奇缺。更多的人，是被殺的。
翼王石達開和隨員曾錦謙、張遂謀進天王府見洪秀全，他帶回五千精兵都駐紮在城外。一路上，他們都感覺到天京城裡的氣氛有一些不對勁。
曾錦謙上前悄聲對石達開說：“城裡很詭異，比以前多了許多童子軍。原來的軍士到哪裡去了？”
石達開點點頭，說：“本王知道你要說什麼。我們先去見天王，看看他的態度。”
石達開等人到了金龍殿，沒想到北王韋昌輝也在。
韋昌輝殺了東王楊秀清之後，北王就是除了天王之外最大的王，他便取代了楊秀清的位置。
但當時的南京城裡，流言四起，說北王韋昌輝屠殺東王府的人，是出於私仇，是爲了奪權，韋昌輝感覺自己有點委屈，掌權也有點名不正言不順，就請求天王洪秀全將楊秀清的首級標爲“老奸頭”，掛到城頭示衆，並對楊秀清進行鞭屍，昭告天下北王是奉旨殺逆。
洪秀全有點不樂意，韋昌輝當政的這些天，他明顯感覺到，韋昌輝比楊秀清更專權、更殘忍，心胸更是狹隘，一言不合北王就對朝中大臣大肆殺戮!
洪秀全對北王的印象分急劇下降，於是他故意問翼王石達開的意見：“楊逆竊據神器，妄稱萬歲，已遭天譴，但朕念及他過去有功於天國，不忍再行屠戮。翼王意下如何？”
石達開說：“東王伏誅，確實不應該再亂殺無辜。請天王下旨，立即制止天京城內的殺戮行爲。臣走到天王府，一路所聞，都是兄弟家屬的痛哭聲，撕心裂肺，整個天京城裡現在人人自危。”
北王韋昌輝聽了天王洪秀全和翼王石達開的對話，十分憤怒，感覺自己被天王耍了，而且翼王話中有話，在批評自己，他堅持要天王洪秀全下詔公佈東王楊秀清爲“東孽”。
最終，天王洪秀全變了臉，滿足了韋昌輝的要求，下詔說楊秀清爲“東孽”。
石達開卻又站出來，說“此事萬萬不可”，並痛斥韋昌輝亂殺無辜，“那些被你殺掉的兄弟，他們真的都是反賊嗎？他們的命就像是螞蟻一樣嗎？他們沒死在和清妖作戰的戰場，卻死在了自己的家中，這是爲什麼？”他要求洪秀全下詔讓北王停止天京城裡的殺戮：“東王這些年來勞苦功高，一旦被指東孽，天國的軍民之心必亂。現在天王宜葬了東王，安撫人心。”
令石達開意想不到的是，洪秀全竟然拒絕了他的這個提議。爲什麼呢？因爲洪秀全也想徹底清除東王楊秀清對他的威脅，他是在利用韋昌輝這把嗜血的刀子，清除東王部下。
石達開有點愕然，他原以爲洪秀全會支持自己，所以沒帶兵就進城了。當他和洪秀全、韋昌輝都見面後，一番交流，他才發現自己的處境危險。
於是，石達開趁天王洪秀全和北王韋昌輝還在議事，找了個藉口，說自己已經多日沒有見到家人，想先回翼王府和家人團聚。
天王洪秀全說：“這樣也好，翼王你先回府休息。天國遭此鉅變，以後很多事還少不了你。”
翼王石達開便和隨員曾錦謙、張遂謀出了天王府。
曾景謙和張遂謀讓翼王趕緊出城：“北王對你已經不滿，再晚就來不及了。”
石達開有點着急，說：“我的家眷都在天京城內，怎麼辦？”
張遂謀說：“我們現在手中得有兵，支持我們的人越多，翼王府才越安全！”
於是，三人急急忙忙準備逃出城。太平軍建都天京後，是石達開負責天京城的衛戍工作，建立起嚴密的防禦、警戒體系。石達開對天京的城防比較熟悉，便假裝奉天王之命巡察，然後支開了守城的兵士，悄悄開縋城而逃，一路狂奔到了自己的營地，立即集合了上萬支持他的隊伍，對城裡發出通牒：天王必須立即下詔停止北王的殺戮，否則就攻進城清君側。
那天韋昌輝見石達開回天京後，偏袒楊秀清，於是對天王洪秀全說：“石達開和東王交往甚密，奉召誅殺楊秀清也是姍姍來遲。不得不防。”
洪秀全問道：“他也是東黨餘孽？如何是好？”
韋昌輝這時信奉簡單粗暴的方法最能解決問題，他對天王洪秀全說：“殺！斬草務必除根！”
洪秀全想了想，石達開一向得軍心民心，如若不除，他可能要爲東王翻案，威脅自己，於是天王又欲殺石達開，讓韋昌輝去翼王府抓石達開。
當夜，韋昌輝率部包圍了翼王府，卻發現石達開等人根本沒有回府，他預感大事不妙，問身邊的陳承容：“翼王肯定有所察覺，我們怎麼辦？”
“我剛收到密報，石達開已經出城了，集合了一萬餘人，要清君側。”陳承容回答韋昌輝說：“以天王的性格，他八成會妥協。一旦天王和翼王妥協，我們就會成爲人人唾棄的犧牲品。”
聽了這話，韋昌輝氣得咬牙切齒，渾身發抖，對陳承容說：“你的意思是現在我們沒有退路，如果翼王和天王勾結，我們就會成爲第二個楊秀清？”
陳承容說：“是的，我們現在只能逼反石達開，纔有活路。”
“老子已經殺了這麼多人，也不差翼王府這幾個，那就殺！”韋昌輝於是一不做，二不休，連夜血洗翼王府，將石達開家眷及翼王府內人員全部趕盡殺絕，還把他們的屍體扔到城外。
石達開聞訊，趕去收拾了家人的屍體，徹底憤怒了，他失聲痛哭，對天發誓：“不見到韋昌輝的人頭，誓不罷休！”
洪秀全聽說韋昌輝又屠殺了翼王府，驚得出了一身冷汗，連聲叫道“韋昌輝這個瘋子，這個瘋子”。
韋昌輝也很快來見天王，要求洪秀全下旨殺叛逆石達開：“翼王也謀逆！”
洪秀全不傻，一邊是殺紅眼了的北王部在城內，一邊是城外石達開部一萬人。他便選了一個折中的方案，以“反顧偏心罪”下詔通緝石達開。
洪秀全心想，假如石達開真的被誰取了首級來領賞，自己就可把殺石達開的責任和殺楊秀清的責任一樣推給韋昌輝，說自己是在韋昌輝的脅迫下下旨殺石達開的。那麼石達開的“英靈”將爲他順理成章地誅殺韋昌輝作最後一次貢獻。到時候，只要表現自己不忘功臣功績，把自己的某個兒子過繼給石達開，再弄個“翼升節”什麼的。於是乎，大家都會說天王英明，翼王可惜，最後的贏家還是自己。
石達開出城後，手握一萬兵馬，憤怒地要求洪秀全誅殺韋昌輝以謝國人，可洪秀全拒絕了他的要求。與此同時，以“反顧偏心罪”懸賞捉拿石達開的天王詔旨卻傳遍天國各地。
洪秀全對付石達開與誅滅楊秀清的手段如出一轍——他想利用自己的聖旨加上韋昌輝的勢力，一舉除去石達開的威脅。
然而，石達開在天國軍民中的極高威望，是洪秀全沒料到的：石達開軍功高：1851年金田起義時，石達開率衆四千餘人赴金田團營，戰鬥中屢立戰功，被封爲太平軍左軍主將、永安封王時受封爲翼王五千歲。在太平天國首義諸王中，石達開年紀最輕，也最具軍事才能，太平軍從廣西向金陵進軍，途經湖南、湖北、江西、安徽、江蘇等省，石達開均爲開路先鋒，攻城奪鎮，所向無敵。尤其是1852年西王蕭朝貴在湖南長沙陣亡後，太平軍在長沙城下陷入清軍反包圍，形勢萬分危急，石達開率部西渡湘江，開闢河西基地，緩解了太平軍的缺糧之危，又多次擊敗進犯之敵，取得“水陸洲大捷”，重挫清軍士氣，其後，爲全軍先導，經河西安全撤軍，跳出反包圍圈，奪岳陽，佔武漢，自武昌東下金陵，二十八天挺進一千二百里，戰無不勝，攻無不克，令清軍聞風喪膽，號之曰“石敢當”。
1854年夏秋，太平軍在西征戰場遭遇湘軍的兇狠反撲，節節敗退，失地千里。石達開看出兩軍之差距在於水師，便命人仿照湘軍的船式來造艦，加緊操練水師。在湘軍兵鋒直逼九江的危急時刻，石達開再度出任西征軍主帥，親赴前敵指揮，在湖口、九江大敗湘軍，湘軍水師潰不成軍，氣得湘軍主帥曾國藩要投水自盡。石達開被調回天京參加解圍戰，又大破江南大營，解除了清軍對天京三年的包圍。
並且定都之後，諸王廣選美女，爲修王府而毀民宅，據國庫財富爲己有，唯石達開潔身自好，從不參與，品質非常之難能可貴。
另外，石達開展現出了超人的政治才能。1853年秋，石達開奉命出鎮安慶。過去，太平天國沒有基層政府，地方行政一片空白，石達開到安徽後，很快組織各地人民登記戶口，選舉基層官吏，又開科舉試，招攬人才，建立起省、郡、縣三級地方行政體系，使太平天國真正具備了國家的規模；與此同時，整肅軍紀，恢復治安，賑濟貧困，慰問疾苦，使士農工商各安其業，並制定稅法，徵收稅賦，爲太平天國的政治、軍事活動提供所需物資。
當天王洪秀全下令捉拿石達開時，他給自己留了一條後路，暗中派人四處散佈消息，說這聖旨是韋昌輝逼迫天王下的。
於是，天國舉國軍民拿着捉拿懸賞石達開的聖旨當草紙，以爲天王也是受了北王的矇蔽。太平軍各地的高級軍隊將領，比如陳玉成，李秀成也紛紛表態支持翼王石達開。
就在這時，清軍進攻寧國，陳玉成部十分危急，石達開以大局爲重，先去退清兵，他的威望在天國達到最高點。
而也就在石達開率部趕赴寧國援助陳玉成部的前後，石達開再次向天王洪秀全發出通牒，再次公開要求天王殺韋昌輝這個劊子手，以順民心，並稱如若不然，將提靖難之師打回天京以清君側。