張由鬆並沒有立即就懲罰悍將，而是在等待着機會。這人就是屠殺睢州百姓的李本深。
李本深，是高傑的心腹大將，作戰勇猛，忠心耿耿，但是，有一點兒問題，他心狠手辣，不愛惜百姓，在高傑遇害後，他爲首的部隊進入了睢州城，立刻大殺百姓，逢人就砍，見人必殺，一時間，所有沒有逃走的睢州百姓，盡被屠害！
沒有人能夠確切知道睢州屠殺案，能夠有多少人倒黴，反正，這是一起嚴重的駭人聽聞的事件，大明的軍隊，抓着大明的百姓屠殺？
不僅這樣，當許定國的部隊逃脫到考城時，李本深軍又追逐到了考城，報仇是可以理解的，但是，你不能把老百姓們撒氣呀？
李本深軍從睢州一直殺到了考城，使周圍二百里地面，盡作了血肉模糊之區！
這是什麼？這是赤裸裸的反人類罪，這是真正的種族屠殺。
不，這更卑鄙，種族屠殺的話，對本種族還是保護的，現在，對自己的種族，自己的百姓就野蠻地屠殺了，你還算是個人嗎？
錦衣衛隊的密探，將情報反饋回來以後，張由鬆氣炸了肺，幾乎將御用的桌子拍爛。
當然，爲了穩定形勢，張由鬆很理智地沒有動手，還給予重大的獎賞，安慰，吩咐他護送高傑的靈柩到南京。
李本深到了，將高傑也按照極高的規格國葬了，下面，就是處理了。
不過，張由鬆決定緩和下，等等機會，因爲，還有更重要的事情需要處理，這就是馬士英和阮大鋮的案件。
馬阮二人，看起來已經是板上的魚肉，任人宰割了，可是，張由鬆的心裡不踏實，擔任地方大員多年的馬士英，還是很有號召力的，現在，自己既然和他公開決裂，那麼，馬士英的勢力集團，就是自己的敵人，阮大鋮呢？富豪，高官，才子，三位一體，其能量，尤其是在官場中的能量非同一般，所以，這些人，看着已經進了監獄，其實，並非真的完蛋了，在政治上，還有很大的隱蔽性，危害性。
張由鬆最擔心的就是，自己一旦御駕親征，南京必然空虛，一旦馬阮二人的黨徒乘機起來，興風作浪，自己能夠輕易控制得住？這兩個人不死，或者說在政治上不死，沒有被搞臭名聲之前，都是兩隻大老虎呢。
殺不殺，是一回事兒，但是，必須將其政治生命掐死，卻是必然的步驟，既然要鎮壓，就要鎮壓得住。
馬阮二人的案件，有一個很大的疑點，不必別人說，就是張由鬆自己都知道，說人家兩人勾結滿清攝政王的罪證是不確切的，也沒有多大說服力，還有，因爲保證朝政的穩定性，連續幾天將朝臣們拘禁起來寫揭發材料，給人的感覺，就不是名正言順，冠冕堂皇。
張由鬆決定，徹底整死兩個傢伙！
他召開了政治會議，不是內閣，也不是朝臣，而是親信會議，文的劉宗周，黃道周，武的有金聲桓，龐領奎，周遇祥等，秘密的貼身護衛隊還有馮可宗和秦清。只是後來，考慮到問題的重大性，才擴大了會議，將內閣的其他幾位也找來了。
“諸位愛卿，你們以爲，那個馬士英和阮大鋮兩人賣國罪證，充分嗎？”
這是內廷，皇帝秘密召見諸位的，大家本來就有着相當的神秘感，現在，一開場皇帝句提出了這樣重大棘手的問題，一時間，所有的人都沉默不語。
“秦清，你說呢？”這是自己的大內總管啊。
秦清感到很榮幸，在這麼多人中間，他一個沒有小雞雞的老頭子，以前就是個端茶送水的貨色，現在呢，皇帝引以爲心腹啊。
“皇爺，老奴真心講，這個不太那個吧？”
“爲什麼啊？”
“因爲，老奴也說不好，但是，馬士英和阮大鋮都是從龍的功臣，剛剛還是坐上客，國家的柱石，轉眼間就成了叛賊，這說不通啊，再說，既然如此，何必當初呢？五個月前，直接將這江南半壁拱手北蠻不是得了？還浪費這麼多的繁瑣？”秦清揣測着。
“是啊，皇上，馬阮二人，絕對買官賣官，禍國殃民，這些，都是真的，就是臣等拍拍腦袋，跺跺腳，都能想得出來，百姓們也都知道，人神共憤，可是，他們兩人啊，真的難以背叛國家。”史可法在被點名以後，也不客氣地說。
“是啊，皇上，兩人不可能背叛，只可能弄權，受賄！”黃道周是張由鬆最信任的官員之一，不僅在於他年輕有爲，才華橫溢，而且，歷史上是爲大明盡忠而死的，張由鬆敬佩他。
沒有人支持皇帝的意思，甚至，劉宗周還建議，將馬阮二人的不實之詞都抹去，有什麼罪就懲罰什麼罪，不要故意栽贓陷害，使朝廷制度，蒙受灰塵。
“皇上是明君，理應有明君的氣度，胸懷，皇上不喜歡馬阮二人，這情有可原，這倆權臣，端的有很多可惡之處，但是，如果網羅罪證，構陷臣下的話，恐怕引起物議沸騰啊，臣等爲皇上萬年大計着想，肯請皇上三思！”
張由鬆心裡有些寂寞，被羣臣和心腹都反對的事情，絕對是不成的，他們都這麼想，別人更不用說了。
“可是，朕意已決，必須嚴懲此二賊！”
“皇上嫌棄此二人，微臣等也嫌棄，只是，臣等希望，皇上能夠事實真相公佈，將此二人依照國法處理，也使他們得其所哉！如此，則我大明內無冤案，外無懼怕，自然臣民和諧，同仇敵愾。”
“對，皇上，他們如果被加上不當之罪，則雖然死了，也心有不甘，並不服輸，”姜曰廣說道。
張由鬆見羣臣皆不支持自己，知道他們的立場問題使然，所以，笑笑：“諸位愛卿所言，朕豈能不知？奈何國家危急，不能不這樣坐實其罪了。朕以爲，必須將此二賊除去！”
“那，皇上啊，此二人已經被抓被關，還株連了九族，待議於獄中，何其悲慘？微臣等想了，還是皇上以特赦手段，將他們赦免了，這樣，更顯得皇上的仁慈，又增加了馬阮二人的羣體官員的安心，所謂不得不忍者。”王鐸建議道。
張由鬆大喜，接受了他的建議，但是，也強調了必須打倒馬阮二人的必要性。
“諸位大臣都是君子，朕深爲感動，欣賞，可是，政治者，國家大端，豈能輕易以仁慈心術來矯正？馬士英和阮大鋮，其實都是朕所欣賞的，朕之所以除此二賊，並非要他們立刻死去，而是要排除其勢力干擾！”
張由鬆的話，直截了當地宣佈了這場鬥爭的性質，雖然大家知道，可是，當面聽來，還是覺得觸目驚心。
“大明的腐敗問題，朕是必須要除的，不除者，將失去民心和軍心，此二者一去，則大明國家危險了！馬阮買賣官爵的禍害，直可以驚天地，亂朝綱！”張由鬆再次強調自己行爲的正當性。雖然說皇帝的舉動，沒有必要完全跟大臣講清楚，可是，對於心腹之人，還是必須講的。