19世紀歐洲的探險家們卻對這個傳說深信不疑，儘管一直沒人找到過那些傳說中的水晶頭骨。直到1927年，英國姑娘安娜在她生日那天，終於有了一個驚人的發現。
安娜的養父米歇爾·黑吉斯是英國的探險家、大英博物館瑪雅文化委會員的成員，對瑪雅文明癡迷而狂熱。1924年，米歇爾組織了一支探險隊從英國利物浦出發，沿水路到達中美洲，與他同行的還有他心愛的養女安娜。
探險隊在當地瑪雅人的幫助下，終於在今天中美洲的伯利茲荒無人煙的熱帶叢林中，發現了一處古代瑪雅人的城市遺址。這是一座被藤蔓和大樹淹沒了的古城，探險隊用了整整一年，才使得這座古城得以展現它昔日的風采。
這座古城廢墟讓米歇爾驚呆了，城堡的高度遠遠超過周圍的村莊，它高150英尺，佔地6平方英里，包括金字塔、宮殿、墓冢、城牆和地下室，城堡的每個地方都是用割好的白石頭砌成，瑪雅人竟然憑着原始的石斧創造出工藝如此精湛的作品，其勞動強度無法估量。
從小受養父的影響，17歲的安娜也對眼前的一切興奮不已，她小心翼翼爬上了城堡最高點的金字塔頂，一覽熱帶叢林的絢麗風光。正是因爲她當初的好奇心，才使得瑪雅人的一個曠世之謎重見天日。
安娜正在飽覽風景時，她突然發現金字塔的裂縫深處有一個東西閃閃發亮。她立即告訴了養父，米歇爾帶着探險隊的全體成員登上了金字塔頂，把裂縫邊鬆動的石頭移開。經過了幾周的努力，終於刨開了可容一個小個子進出的窟窿，安娜隻身爬入這個窟窿的底部，她突然發現一個東西照亮了她的臉，仔細一看，是一個猶如人頭骨的水晶，她非常興奮，把它帶回到了金字塔頂。
安娜發現的寶物是一塊通體透明的水晶頭骨的上半部分，米歇爾命令隊員們繼續挖掘。3個月後，他們在25英尺外的地方又找到了水晶頭骨的下半部分，兩塊頭骨合在一起，正好與真人頭骨一般大小。
這個水晶頭骨長17釐米，寬和高各是12釐米，重量是5公斤，它是用一大塊完整的水晶，根據一個成年女人頭顱的形狀雕制而成的。它做工非常細緻，鼻骨是用三塊水晶拼成的，兩個眼孔處是兩塊圓形的水晶，它的下頜部分可以跟頭蓋骨部分相連，也可以拆開，整個構成異常精巧。
按照慣例，米歇爾將水晶頭骨獻給了當地居民的首領。而當米歇爾的探險隊將要返回英國時，當地的首領又將水晶頭骨贈送給米歇爾，以回報探險隊給他們提供藥品和食物的幫助。後來人們就把這顆頭骨稱作”米歇爾·黑吉斯水晶頭骨”。米歇爾去世後，這顆頭骨就一直由安娜珍藏。
水晶頭骨的橫空出世，牽動了全世界考古學家們的神經。他們把水晶頭骨和真正的人類頭骨作了比較，發現除了眼部特徵稍稍偏於人類的正常範圍以外，其他參數都與真正的人類頭骨相差無幾……
一位瑪雅老人告訴米歇爾這顆水晶頭骨至少有10萬年的歷史，是爲了紀念一位偉大的瑪雅祭司而製作的。然而卻沒有多少人相信他這一說法。科學家們試圖弄清楚它確切的製作時間，但是石英水晶的物理屬性決定了它永遠不會被知曉。
此外，頭骨面部兩側的下方各有一個微小的圓形凹槽，使得下頜可以與頭顱連結，還可以像人類頭骨的下頜一樣自由張合。雕刻精湛的牙齒，線條平滑的顴骨，無不顯示出製作者對人體解剖學的透徹瞭解。
然而，水晶是世界上硬度最高的材料之一，用銅、鐵或石制工具都無法加工它，而1000多年前的瑪雅人又是使用的什麼工具呢？另外，這種純淨透明的水晶雖然硬度很高，但質地卻脆而易碎，科學家們推斷：要想在數千年前把它製作出來的話，只可能是用極細的沙子和水慢慢地從一塊大水晶石上打磨下來，而且製作者要一天24小時不停地打磨300年，才能完成這樣一件曠世傑作。
根據傳說的內容，水晶頭骨裡隱藏了人類起源和死亡的秘密資料，能幫助人類解開宇宙生命之謎，如果這是真的，那它會以什麼方式來告訴人們這些秘密呢？難道有一天它真的會開口說話嗎？科學家們當然不會相信。他們認爲，如果傳說是真的，那麼水晶頭骨就有可能是一個儲存秘密資料的信息存儲器，通俗地說，就是一塊硬盤。
科學家們做過這樣的實驗，他們把水晶當作信息的存儲介質，用激光把一些信息寫進去，一段時間後又用指令將它恢復，裡面的數據完好無損。實驗證明，如果在數千年、數萬年前有人把數據寫進水晶頭骨的話，它依然可以保存到今天。
如果水晶頭骨真的是一個信息存儲器，那麼，數千年前的古代瑪雅人是怎樣將信息儲存進去的呢，他們是不是已經掌握了現代人還沒有掌握的科學技術呢？人們又該如何將信息提取出來呢？科學家們對此束手無策。
然而，古代瑪雅人給我們的困惑還遠不止於此。科學家們發現，當有光束照在這顆頭骨上時，隱藏在基底的棱鏡和眼窩裡用手工琢磨的透鏡片組合在一起，能產生一系列光學變化，它所發出的炫目光束，有一種催眠般的魔力，會讓人出現幻覺、幻聽等現象。曾經研究水晶頭骨長達6年之久的水晶專家富蘭克·多蘭德先生說，他在與水晶頭骨共處時，能聽到一種“非常安靜又引人注意，像是從高音大鐘發出”的聲音，還能從水晶頭骨上看到“山巒、廟宇”等圖像。更有人在撫摸過水晶頭骨後，發現自己身上的疾病居然奇蹟般地治癒了。種種神奇的現象實在讓人無法理解。近代光學產生於17世紀，古代瑪雅人不可能會運用。
所有集中在水晶頭骨上的謎團都讓人匪夷所思，於是一些崇尚神秘主義的人們乾脆把它歸之爲是天外來客的傑作。而當他們即將離開之前，又把水晶頭骨作爲禮物送給了瑪雅人，之後，瑪雅人就把它一直保存在金字塔裡直到被安娜所發現。對於這種說法，科學家們無從考證，但當科學不能對一些神秘現象做出合理解釋時，這種推測反而更容易讓人接受，或許它真是外星人的傑作呢。