金門、馬祖地區實施的只是局部性的停火，在其它地方戰鬥還要繼續下去。
臺灣軍隊一直沒有閒着，13日的空襲結束之後，就投入到各機場的搶修中。經過空襲之後，臺灣的各軍用機場受不同程度的損失，250公斤和500公斤的航空炸彈在跑道上留下了一個又一個深坑，並在機庫堅固的外殼上留下了一個又一個洞，爲搶修機場，不僅投入了全部工兵部隊，還徵用了不少民間工程公司。最終大部分機場的搶修任務在天亮前全部完成，只有花蓮和臺東機場無法進行搶修。因爲解放軍二炮部隊將這兩個機場當成了靶場，每隔幾個小時就會向這兩個機場發射一枚導彈，結果搶修工作根本無法繼續，誰也不想在隨時有導彈落下的地方工作。
在機場進行搶修的同時，飛機全部分散開了，備用機場、公路跑道等全部投入了使用。由於飛機的損失過大，除全力搶修受損飛機外，封存備用的F-5、F-104等戰機也啓封了，重新投入使用。臺灣航空工業發展中心也接到了準備生產新機的命令，臺灣空軍表示要再訂購一批IDF。不過這些都是遠水解不了近渴的，損失依然無法得到有效的補充。
倉庫裡封存的各種防空武器，只要是能用的就被運出來了，以補充白天的損失和裝備預備役人員。不過這些措施還是無法使臺灣的防空能力恢復到12日以前的水平，必竟13日的損失太慘重了。
經過一晚的休整之後，解放軍飛行員已經從疲勞中恢復了過來了，由於受到導彈攻擊的刺激，天一亮就發動了大規模的攻擊行動。由於二炮的巡航導彈基本完了，新式的地地導彈軍委已下令禁止使用，因爲那是給美國“朋友”準備的，所以當天投入戰鬥的只有那些準備在“清理庫存”的老式地地導彈。
空軍的攻擊機羣首先投入戰鬥。出擊前，劉海風向飛行員下達了死命令：“把敵人的地地導彈陣地給我找出來，然後用炸彈好好‘裝飾’一下。”飛行員們當場發誓保證完全任務。
到今天早晨，臺灣空軍可以投入戰鬥的戰鬥機不到250架，比前一天減少了一半多，飛行員的損失也相當大，除了部分被俘以外，許多飛行員在棄機跳傘或空襲中受了傷，這使許多優秀的飛行員失去參戰的機會。由於飛機的損失較大，部隊的建制完全被打亂了，不得不將幾個中隊臨時組編爲一箇中隊，所以許多飛行員相互間都缺少了解，相互配合起來很成問題。昨天的慘重損失在飛行員的心中留下了很深的陰影，悲觀、失敗的感覺早已佔據了飛行員的內心世界，正如一位飛行員對當時的回憶那樣：“大家的士氣低落到了極點，笑聲從我們中間消失了，晚上沒有幾個人能安心入睡，第二天早晨，當空襲警報響起時，除了拼命一戰之外，我什麼都不敢想了。”
更重要的是，臺空軍的指揮系統失效了。臺灣的遠程預警早已在空襲中被摧毀，現在必須依靠美國的空中預警機提供的支持，基於昨天的經驗，今天美國的空中預警機不必再經過多個環節了，而是直接將情報傳遞給臺灣的指揮系統，但美軍提供僅限於預警情報的支持，而不參與臺灣的空戰指揮。可此時臺灣的通信指揮系統無法有效地指揮空戰了。僅有的一架空中預警機因發動機的問題，無法飛行，地面指揮系統則在空襲中損失不小，幾個重要的指揮部和通信中心都受到了空襲，雖然沒有造成什麼重大的人員損失，但各種設備，尤其是通信設備的損失很大。這造成臺灣的地面指揮中心無法及時有效地瞭解空中的情況，也無法及時將信息傳遞給空中的飛行員。
解放軍的戰機一起飛，美國人就將情況通知了臺灣，於是臺灣各機場都響起了戰鬥警報聲，飛行員迅速登機，起飛迎戰。就在戰鬥機一架接着一架緊急起飛時，解放軍二炮部隊的地地導彈就到了，好在都是一些老式導彈，精度很差，沒有一枚擊中重要設備，而且數量很少，一個機場只落下一、二枚。而這時機場上並沒有停放多少飛機，飛機都是從機庫內直接衝向起飛跑道，中間並不停留，同時人員多已進入了掩體。所以導彈攻擊造成的損失很小，可以說是毫無戰果，可是解放軍的目的達到了，導彈攻擊成功地製造了混亂，整個起飛過程受到了不小的影響，也給對手造成很大的心理壓力。
當解放軍的戰鬥機一過海峽中線，臺軍的戰鬥機依然象以前那樣立即就迎了上去，可是與以前不同的今天迎戰的戰鬥機數量明顯少了。
空戰一開始，臺軍的戰鬥機就處於明顯的劣勢，信息不靈使臺灣飛行員得不到有效的地面引導，只能依據地面提供簡單信息來判斷情況，談不上整機的配合。這時臺灣飛行員發現原先那種強調遠程交戰的觀點並不適合實際情況。由於沒有及時可靠的情報支援，他們無法先對手起飛，搶先佔據有利位置，只能等到解放軍的機羣靠近臺灣海峽了，他們才能起飛迎戰，非常不利於搶先佔據有利位置。對於視距外的遠程交戰來說，搶佔有利的位置並不是決定勝負的關鍵，可是臺灣海峽太狹窄了，只要幾分鐘雙方就會相遇，留給飛行員確認情況、判斷、決定，以及鎖定目標、發射導彈的時間就非常的有限了。往往進行一輪遠程導彈攻擊之後，就要進入近距格鬥戰，甚至遠程導彈剛剛發射，就必須進行近距格鬥了。可對於近距格鬥戰來說，搶佔有利位置是決定勝負的關鍵一條。先行起飛的飛行員可以採取先向東飛，與對手拉開距離，然後再轉向實施攻擊，這樣可以多發射幾枚遠程導彈，可對於最後起飛的飛行員來說，一起飛就要與對手開戰，根本沒有搶佔有利位置的機會和時間。他們還發現許多在理論上可行的戰鬥方案，在實戰中並不實用。
這時解放軍雖處於明顯的優勢地位，但情況依然並不好。解放軍也面臨着許多問題，如理論與實施脫離的問題，平時反覆訓練的東西，在實戰中發揮不出作用。經過幾天的戰鬥，解放軍的損失也不輕，好在有大量預備隊，隨時可以補充，數量一直保持穩定，但質量明顯的下降了。近年來解放軍裝備了不少新機，可老式飛機依然佔據着主力位置，許多部隊還在使用的殲-6、殲-7則是數量最多的，殲-8性能相對較好一點，但沒有質的飛躍，蘇-27、殲-10雖好，但要大量裝備部隊，還需要一些時間。老式飛機的老化問題也相當嚴重，尤其是剛剛調上來的部隊多爲二流部隊，裝備的飛機都使用多年了，已經經受不了劇烈的動作。當然新調上來的部隊也有裝備新式飛機的，可是這些部隊換裝時間很短，許多飛行員剛剛掌握基本的飛行技術就上了戰場。說到人員的素質，這時也開始令人頭痛了。原來解放軍爲了能儘可能的節約經費，以換裝新機，將部隊分成了重點部隊與非重點部隊，重點部隊是已經或準備裝備新式飛機或者是被擔負重要任務的部隊。只要是屬於重點部隊，即便裝備差一點，在各方面也可以得到優先照顧，所以這一類部隊的戰鬥力相當強。除重點部隊以外的部隊都屬於非重點部隊，這一類部隊的裝備差、人員素質低，其中不少是屬於準備裁撤的部隊。現在的問題是，原先參戰部隊的都屬於一流的，新調上來的多是二流的，相比之下，同樣的裝備，可戰鬥力就是不一樣。
這樣的情況使解放軍無法取得決定性的優勢，雖然成功的拖住了臺灣的戰鬥機，但付出了很大的損失。解放軍的攻擊機羣很快就擺脫了對方戰鬥機的攔截，開始對目標進行轟炸。首先發動攻擊的是海軍航空兵，今天海航的任務是實施臺灣海峽“大清掃”，原來臺灣將幾艘軍艦開入臺灣海峽，希利用艦上的防空導彈和雷達加強防空力量，對此解放軍可不答應。
“高雄”號臺灣擁有的最先進的軍艦，是臺灣從美國購進的4艘“基德”級戰艦中的到貨的第一艘，也是唯一的一艘，其餘的幾艘還沒有交貨。“高雄”號正與4艘“成功”級護衛艦組成一個編隊，正低速度在離海岸線不遠的地方遊蕩，這是“高雄”號艦長王岩石作出的決定，他認爲這裡水淺，大陸的潛艇是不到這裡活動的。潛艇被臺灣海軍認爲是最危險的對手，必須時刻提防潛艇，尤其是在臺灣附近海域出現潛艇蹤跡之後，提防一點還是好的。王岩石沒有接手該艦之時，對這艘萬噸級的軍艦可謂充滿了信心，可自5月份該艦返臺，他上艦開始，他就發現了問題。雖然美國人答應提供新式雷達和新導彈，可現在還只能用該艦出廠時就裝上的SPS-48E型三座標雷達和“標準”防空導彈，這種雷達的性能還是不錯，只是有事沒事就出故障，今天沒出故障，可是面對天上的數百架飛機，雷過很快就不分敵我了，結果只發射了幾枚“標準”導彈就再也不敢輕易發射了，不擊中己方戰機比擊落敵機更重要。令人生氣的是，發射的幾枚“標準”導彈無一命中目標，檢查原因時，原來是他們太急了，沒到“標準”導彈的有效攻擊半徑就發射了導彈，這時王岩石才發現自已有點太緊張了，於是告誡自己不要再緊張了。
“報告，發現敵機靠近！”雷達兵報告道，他剛剛在混亂的雷達屏幕上發現了情況。
“多少架？距離？飛彈準備！”機會又來了，王岩石一邊詢問，一邊下達了命令。
“12架！距離72！”距離還有72公里，還不到“標準”防空導彈的有效射程，王岩石再次告誡自已不要心急。
“敵機返航了！”當王岩石正耐心等待時，雷達兵報告道。
“什麼？”糟了！敵機發射完導彈返航了！“小心飛彈！準備發射干擾彈！”王岩石馬上意識到了問題，急忙下達了命令。
果不其然，不久雷達就發現正在接近的導彈，這倒沒有讓王岩石感到心驚，讓他心驚的是，導彈的數量太多了，雷達顯示的是“一大片”，分不清數目了。實際上接近的反艦導彈總數是48枚C802，由12架“飛豹”攜帶，每架4枚C802，這些“飛豹”在距“高雄”號60公里的地方發射了導彈，然後返航了。
面對如此多的導彈，沒有人不會心驚。如何對付正以接近音速的速度飛來的導彈？艦上的“標準”導彈屬於早期型號，不具備反導能力。干擾彈發射了！可惜只有幾枚導彈上了當，大部分導彈依然飛向預定的目標，原來這些導彈的制導系統經過了許多改進，性能提高了不少。近防炮開火了，“高雄”號上裝有2座6管20毫米近防炮，可要對付這些幾乎是同時到達的導彈，可謂是杯水車薪，“高雄”號上的近防炮僅僅擊落了2枚來襲導彈，一枚反艦導彈就擊中了“高雄”號，165公斤的半穿甲彈頭輕鬆地擊穿了艦體，然後在艦體內爆炸。對於這艘萬噸級的戰艦來說，一枚C802導彈所能造成的破壞是有限的，可接下來又有4枚C802導彈擊中了“高雄”號，如此打擊是“高雄”號所無法繼受的。
“高雄”號水線下的艦體沒有受到破壞，還沒有出現大量進水，但艦上燃起了大火，損管人員雖極力搶救，但火勢已無法控制，而且失去了動力。“不必救火了！快點搶救傷員！準備棄艦！”王岩石無奈地向全體艦員下達了命令，可他明白，戰艦完了！只能救人了，可是火勢太大了，最終還是有部分被困在機艙內出不來了，然而沒有機會再救他們了，大火正向彈藥庫蔓延，隨時有發生大爆炸的可能。“棄艦！”王岩石下達了最後的命令，於是艦員放棄了救援行動，紛紛棄艦逃生了。當王岩石登上了救生艇，最後望一眼他的軍艦時，他禁不流下了眼淚，不僅他，所有的艦員都流淚了。最後王岩石不忍心再看下去，將頭轉向其它方向時，他發現整個艦隊都完了！4艘“成功”級護衛艦都被擊中了，正在下沉，水面上都是等待救援的人。這時他的身後突然傳來了一聲巨響，“高雄”號的彈藥庫爆炸了。
當呂秀蓮得知“高雄”號以及4艘“成功”級護衛艦全部被擊沉時，她不敢相信這是事實，臺灣失去了它最好的軍艦。如此慘重的損失，讓臺灣海軍再也不敢將大型軍艦開入臺灣海峽，全部主力艦不是躲在港口內，就是躲到遠離大陸的外海。
解放軍海軍航空兵打掃完臺灣海峽內的臺灣戰艦之後，又開始清掃臺灣的反潛機，爲潛艇部隊的活動提供方便。實際上臺灣海軍的反潛飛機早已在昨天的空襲中損失慘重，第一大隊的S-2T反潛機能飛的只剩下8架，至於新採購的P-3反潛機，還沒有交貨。本來早就可以交貨了，可美國要與中國在臺灣問題上討價還價，所以決定廷期交貨，現在開戰了，交貨不得不再次廷期了。第二大隊的反潛直升機能飛的也不多了。所以清掃行動有點顯得作用不大，可行動還是要認真實施的。
解放軍空軍則在海航大稿“清掃”之時，再次光臨了臺灣各機場，不過這次歡迎的防空炮兵要猛烈多了，可惜效果太差了。在吸收了昨天的經驗之後，今天將所有能使用的高炮、高射機槍都投入了戰鬥，同時儘可能不使用雷達，因爲反幅射導彈讓他們吃盡了苦頭，可惜他們不知道解放軍的反幅射導彈消耗的差不多了。不依靠雷達的“毒刺”等型號的導彈被大量的使用，不過這些導彈存在着射程短的問題，對於高空的目標無能爲力，不過對解放軍對地攻擊的主角強-5，還是很適用的。可強-5絕不是靶機，憑藉強-5低空能性好的優勢，飛行員們將強-5的性能發揮到了極限。飛機的噪音早已讓人頭痛，當強-5從超低空，以最大速度飛過時，那就更讓人受不了，在巨大的噪音中許多人的耳朵流出了血，更不要說由此產生的心理壓力，心跳加速、呼吸困難、動作也慢了，甚至犯錯誤。面對突然從地平線上冒出的強-5，許多人還沒有準備好發射手中的“毒刺”導彈，強-5早已投完彈，消滅的無影無蹤了。
強-5在低空突破，“飛豹”在高空投彈。一枚又一枚的炸彈擊中機場，剛剛修復的機場，再次佈滿了彈坑。可惜此時機場沒有幾架飛機，戰果非常小。
今天解放軍再次對臺灣的輸變電系統進行了攻擊，相比之下，這是當天取得效果最好的行動。昨天台灣的輸變電系統損失就不小，今天的損失更大，尤其是昨天的搶修工作已經消耗了大量的備品備件之後，今天某些備品備件已經沒有了，修復起來就更不容易了。對輸變電系統的攻擊行動，被一位經濟學家稱爲：“這幾乎要了臺灣經濟的命！”
今天的攻擊行動取得了成功，可惜這是“最後的瘋狂”，兩天來的大規模的作戰行動，使解放軍付出巨大的損失和消耗，尤其是當美國出兵的意圖越來越時顯，北邊的局勢越來越緊張，臺灣的空中力量被嚴重削減之後，這樣的消耗已經沒有必要的。從此，大規模的空襲行動結束了，許多部隊開始北調。但這並沒有讓呂秀蓮等人感到多少輕鬆，解放軍用於臺灣的兵力依然保持着優勢，戰鬥行動也沒有停止過，只是規模小了一點。除了偶然轟炸一下臺灣的各種目標之外，就是組織空中游擊小組，由幾架戰鬥機組成，在空中預警飛機的引導下，對正在空中的臺灣飛機實施攻擊。這是一種憂敵的戰術，可非常有限，臺灣的飛行員們陷入了不休止的戰鬥警報和戰鬥起飛中，不僅弄得飛行員非常疲勞，還不斷的出現損失，損失可是臺灣承受不起的，臺灣是損失一架少一架，解放軍則從不擔心損失，損失了馬上就會補充上，老式飛機損失了正好換新飛機。由於掌握了制空權，臺灣海軍的艦艇不敢輕易在海峽內活動，解放軍隨時可以派出水上飛機將落水的飛行員救起。