朱由校經過米柱多次洗腦式的遊說，將建奴視爲心腹大敵，他公開訓斥那輕視建奴的兵部侍郎張秋明：“汝欲做蔡京童貫，朕卻不是宋徽宗，建奴乃女真後裔，完顏女真一樣的惡狼，稍有不慎，就是國破人亡之局。”
張秋明憤然道：“臣忠心爲國，一片丹心，可昭日月，皇上卻將臣視作蔡京、童貫一類的奸臣！”他摘下帽子，說道：“臣請辭，以證清白。”
這張秋明憤怒請辭，嚇住了許多人，許多人都爲其求情，連熊廷弼都爲他說了幾句，張秋明可是在兵部幹了二十多年，真正的老資格，人緣官聲不錯。
朱由校道：“證什麼清白？這確是朕的錯，居然任命一個完全不知兵的人擔任兵部侍郎，現在可以糾正這個錯誤，朕十分高興。兵部侍郎張秋明昏庸無能，才具不足，着削去官職功名，回鄉閉門思過，永不敘用。”
辭官回鄉只是一時氣話，誰知皇帝做得更絕，這讓他臉色蒼白，幾乎昏倒，皇帝大發光火，連葉向高也不敢求情，張秋明被錦衣衛當場剝去了官服，逐出皇城。
皇帝公開的訓斥和處置了張秋陽，讓人見識到了皇帝對遼東的重視，真是開不得半點玩笑。
皇帝是信了王陽明那一套，宣大薊遼，丟失其一，大明亡了，既然皇帝這麼重視，其它人也不敢輕視。
經過廷推，任命了王在晉爲新的兵部侍郎。
王在晉，萬曆二十年進士，初授中書舍人，後歷官江西布政使、山東巡撫，進督河道，泰昌時遷兵部右侍郎，現在正式轉正，成爲熊廷弼的重要助手。
朱由校看中王在晉，懂軍事也懂經濟，不像有些人，認爲打仗就用錢砸，好像這銀子好像大風吹來似的，從來不考慮銀子是怎麼來的，還有朝廷的財政負擔。
在遼鎮方面，一直對於怎麼用兵，各有各的看法，一直公允的說法是土兵（當地人、衛所兵）守城，客兵負責進攻，現在遼鎮進行的軍事改革中，將土兵變成國民警衛隊，挑取優良精壯的士兵，組成皇家陸軍五個鎮，加上調去助戰的皇家衛隊，一共有七萬精兵，基本與受到削弱的八旗兵相比。
八旗兵銳氣被挫，大明遼東七鎮則是剛練成的火槍部隊，步騎合共有七萬之衆，但他們分佈在瀋陽、遼陽一帶，肩負着收復開原、鐵嶺、撫順的重任，任務並不輕鬆，現在正適應性訓練之中。
兵部也覺得不靠譜，所以在各地調集精兵，馳援遼東戰區，朱由校更是揚言，傾全國之力，也要收復失地，在這種情形之下，輕敵好大言的張秋陽下馬，就不是什麼奇怪的事。
連皇帝都認爲不可輕敵，他張秋陽卻偏當建奴是跳樑小醜，又沒有什麼破敵良策，真是令人失望。
舊皇駕崩，新皇登基，最要緊的事就是爲先皇修實錄，這是記錄先皇一生的語錄，也是以文字的形式對先皇蓋棺定論。
這修實錄是一件大事，是對先皇一生執政和爲人的蓋棺定論，像是武宗正德，因爲無子，又是把文臣們得罪慘了，新上的嘉靖帝又不爽他們，所以他們把正德黑慘了，硬是把他寫成了一個荒淫殘暴的昏君，蒙受一生之恥，所以，對於皇室來說，爲先帝修實錄，乃是一等一的大事，也是向先帝表示孝意的方式之一。
康熙元年，上詔修《神宗實錄》和《光宗實錄》。
命英國公張惟賢爲監修官，葉向高、劉一燝、韓爌、周嘉漠、趙南星、鄒元標、史繼偕、何宗彥、朱國祚等爲總裁官，孫慎行、侍讀學士顧秉謙、盛以弘、周道登、鄭以偉、李騰芒、錢象坤、孟時芳、周如磐、孫承宗、祭酒吳宗達等爲副總裁官，侍讀駱從宇等爲纂修官。
因爲一年之內連死兩個皇帝，在詔修《神宗實錄》同時，又詔修《光宗實錄》，這在大明歷史之上，絕無僅有，朱由校親自作序，以示哀思孝順，這以親耕、制遣大將出徵、修典開始了康熙朱由校執政的開始，親耕意味着勸課農桑，重視農業，大將出徵是彰顯武力，保家衛國，修典則是孝順，表示遵遁的是大明以孝治國的基礎。
還有另外一件重要的事，那就是選立後，這可是皇朝一等大事，朱由校當太孫太子之時都沒有立妃，現在坤寧宮虛席以待，沒有皇后母儀天下，這是一等一不妥之事，在新年第二個月，羣臣們就上表，要求皇帝選秀女，以充六宮。
皇帝那裡有什麼隱私可言？他與客事那點爛事，爲人所不恥，大臣們都覺得丟臉羞恥，他們以血的代價，特客氏逐出宮，寓居魏忠賢家，但皇帝多次微服出訪魏忠賢家，這其中沒有貓膩，誰人相信？大臣們是以此爲恥，爲皇帝選妃立後，成了當務之急。
皇帝這麼多的事，所以東南的巡撫和提刑按察使之爭，變得是無關緊要了，內廷直接下詣批覆，讓大理寺去查，張若定上書彈劾米柱的十大罪行，一條未入，倒是李逢春告他張若定一定，皇帝繞過內閣，直接讓大理寺查，這其中的親疏，一目瞭然。
連趙南星都覺得不妥和棘手了，新皇帝可不是先皇朱常洛，在立國本之爭中，與他們建立了深厚的友誼，朱常洛十分信任和倚重東林舊臣，認爲他們是道德君子，現在的皇帝肥癡愚蠢，一味曰利，沒有了這一份君臣之誼般的聖眷，沒有對他們東林黨另眼相看，反而有防備之心。
不過趙南星也沒有放在眼內，因爲他們以清流名士自居，是道德君子，是不會媚上取寵的，還在正德、嘉靖年間興起，以和皇上對着幹爲榮，挨皇上打板子，這是天大的光榮之事，值得誇耀之事，受這氛圍影響，趙南星還真是拉不下這臉，去討好朱由校這小子，這是有辱斯文的事呀。
而且趙南星現在也不太敢完全和皇帝對着幹，他就對趙南星作爲兩帝實錄的總裁官頗有微詞，認爲他過於偏激，有失公允。
皇帝的評價令趙南星頗爲不快？什麼叫有失公允？我這是嫉惡如仇，剛直不阿？全靠鄒元標求情，他才得己參加。
參加先帝的實錄編寫，對於一個老臣來說，這對他文章和道德方面的認可？作爲吏部尚書、託孤老臣，被排除在外，很丟臉的，所以他也有所收斂。
但對於皇帝讓人去查他學生，卻不查東廠，讓他十分憤怒，認爲皇帝和內閣有失公允。
所以趙南星又找來了馬後炮聶正，他知聶正與米柱尿不到一個壺裡，大聲道：“東廠飛揚跋扈，大理寺就做東廠的傳聲筒？”
聶正道：“大理寺啥時候成了東廠的傳聲筒了？這一次本官派惠世揚去，定能查一個好結果。”
對於聶正的配合，趙南星表示滿意。
惠世揚，字抑我，號元儒。惠世揚萬曆三十一年中舉，萬曆三十五年成進士，初授華陽知縣。因政績顯着，擢升刑科給事中，其直言進諫，剛正不阿，名滿海內，和楊漣、左光斗、周朝瑞、袁化中同爲東林五虎將。
在魏忠賢與王安的權利鬥爭中，東林黨堅決地站在王安一邊，直到王安失敗逐出宮後，東林依舊要替王安報仇，和魏忠賢爭鬥到底，惠世揚則是主力戰將，他與王安一向交好，堪稱莫逆。
惠世揚與首輔方從哲積怨甚多，惠世揚上疏朝廷，列其十大罪狀。皇帝朱由校對方從哲極力庇護，惠世揚被指責爲誣陷，自楊漣死後，他便是少壯派的領袖，任大理寺少卿。
趙南星對於聶正讓東林黨人去查張若定，表示滿意，這纔是他想要的結呆，米柱想要在大陸上租一個城市做生意，這是不可能的，不但大陸，就是澎湖巡檢司和寶島也要收回，看你的艦隊在那裡立足。
趙南星有這時代官員黨爭的一切素質，那就是黨同伐異，爲了打擊對手，什麼都不顧。
他擔任吏部尚書，身處要職，要搞一個人，實在是太容易了，這劉守仁和黃誠平就是他搞的，一個朝廷命官，居然勾結閹黨，他就是要去收拾他們，搞死這些人，讓他們知道，勾結閹黨的結果。
趙南星好黨同伐異，他將魏忠賢、王體乾、米禮義、米柱、熊廷弼等列爲閹黨，處處的刁難，處處的作對，就連葉向高都勸他以和爲貴，他就是不聽，這讓葉向高十分爲難。
發生在東南閩地的事，與他關係不大，他不是利益獲得者，但鬧得最兇叫得最歡的反而是他，所以利益團體們送他一個雅號忠直無雙趙相公。
這讓葉向高暗自搖頭，讓人當槍使卻不自知，真心的不成熟，葉向高要坐穩首輔之位，上離不開皇帝的支持，也離不開東林黨的支持，他是皇帝與朝廷之間的潤滑油，看見趙南星叫驢做法，葉向高十分生氣和不滿。