然而，靳雲鵬當上了國務總理後，所提的內閣名單卻沒有貫徹安福系的意願。
他的組閣名單是：內務總長田文烈、外交總長陸徵祥、財政總長周自齊、交通總長曾毓雋、司法總長朱深、教育總長夏壽康、農商總長張志潭、海軍總長薩鎮冰、陸軍總長靳自兼。
這個名單靳在提交國會前，靳雲鵬知道國會會從中作梗，便先電北方各省徵求意見。曹錕、張作霖首先發電贊同，各省軍人也一致附和。
安福系認爲，靳搬出各省大佬來是爲了拉大旗作虎皮對付他們，大爲不滿。財政總長這個人選，對於他們生命攸關，是必須拿到手的。於是便指斥周自齊爲帝制餘孽，曾經破壞副總統的選舉，而張志潭也是他們最反對的人物。
其實靳雲鵬所以這樣做並非是出爾反爾，他有他的苦衷和不得已。
周自齊是徐世昌提名的，徐認爲周自齊可以向美國借款。夏壽康是黎元洪的人，徐世昌想借重黎出面協助南北和談。田文烈是段系，曾毓雋和朱深則是安福系，各方利益都要照顧到。
安福系要爭內務和財政兩席也是有原因的，因爲內務總長的職權是辦理國會選舉，而掌握了財政部，安福系就可以額外獲得經費。
安福系的經費每月十四萬元，曹汝霖、龔心湛任財長時，財政部都是以“參戰秘密費”爲名，每月支付安福系的這筆款項。如果換了周自齊主政財政部，這筆經費肯定是不會有了。
田文烈雖屬段黨，卻不屬於安福系，在安福系看來，田任內長他們是佔不到便宜的。
十一月九日，安福系推李盛鐸、劉恩格、曾毓雋見靳雲鵬，阻止提出內閣名單。
不料靳的態度十分強硬，認爲國會無權在內閣名單提出前加以干涉，國會如果有意見，儘可能在提付表決時加以否決。
十一日曾毓雋又單獨會晤靳，請靳修改名單，以李思浩爲財政總長，吳炳湘爲內政總長，將田文烈調爲農商總長。
靳根本不買帳，氣勢洶洶地說：“我的名單一個不能更動，如有一人被否決，我就辭職不幹。”
安排不了自己的人就拉人。安福系想在靳雲鵬身上下功夫，好言相勸欲把靳拉入安福系，但靳卻油鹽不進，給出的回答冠冕堂皇：“軍人不入黨。”
一計不成，安福系又想拉周自齊加入，以支持他任財政總長爲誘，周更決斷：“本人根本無意於做財政總長，何談條件？”
靳雲鵬打算萬一安福系不通過周自齊，就自兼財政總長而以周爲幣制局督辦，自己居名，周在幕後執行。靳和徐世昌有同一的目的，提名周自齊就是爲了向美國借款。
這時候，原先派往美國接洽借款的徐恩元已經偕同美方相關人員回到北京，準備由中美兩國合辦懋業銀行，並擬借款三千萬元。
安福系在以上手段都無效後，只好求助於後臺老闆，希望段祺瑞能拿出老上司和老師的身份來壓制靳，使其就範。
段這時不願意和靳雲鵬搞得不愉快，又不想冷落安福系，除了敷衍，一時間也拿不出什麼辦法。
事情緊急，安福系不能等，萬般無奈，只能去找小徐。
十一月二十四日，徐樹錚由庫倫返抵北京。
因小徐取消外蒙.獨立一炮打響，回到北京變成了一個大英雄。他對靳閣名單大爲不滿，尤其是事先徵求各省軍閥意見而不提交國會，更是憤慨。他認爲這是違反《約法》精神，蔑視國會尊嚴的惡劣官僚作風。
在靳雲鵬和安福系之間，段祺瑞雖很難取捨，但徐樹錚一加入其中就大不一樣了。於是，段對靳大大訓斥一番，迫使其改提李思浩爲財政總長取代周自齊，靳雲鵬無法不答應。
民國八年十一月二十八日，衆議院通過了內閣名單，十二月三日參議院也予通過。
名單如下：
外交總長陸徵祥
內務總長田文烈
財政總長李思浩
陸軍總長靳雲鵬兼
海軍總長薩鎮冰
司法總長朱深
交通總長曾毓雋
否決了教育總長夏壽康，農商總長張志潭。而以田文烈兼農商總長，傅嶽棻代理教育總長。周自齊則被任命爲幣制局總裁。
靳雲鵬當了國務總理，但仍兼任邊防軍訓練處處長，因此而一半是大總統徐世昌的部屬，另一半是邊防軍督辦段祺瑞的部屬。
靳雲鵬（1877—1951年1月3日），字翼青，生於山東省兗州府鄒縣苗莊村（今鄒城市嶧山鎮苗莊村）的一個普通農家，其父名爲靳長生。後遷往濟寧。靳父先逝，依靠寡母邱氏賣煎餅、當奶媽（靳母作過潘復的乳母）維持生計，靳氏兄弟姐妹也常走街叫賣。 靳雲鵬八歲時入私塾讀書，五、六年後，因家中生活拮据，便到南關柳行街當勤雜工。
十八歲時，因生活所迫與弟弟靳雲鶚，投奔了袁世凱在天津小站督練的“新建陸軍”。其弟靳雲鵬因眼斜，被以貌取人，只列名備補兵，清掃馬廄廁所。
靳雲鵬做事勤樸踏實，某次袁世凱巡營，見靳工作認真，好學不倦，遂予提升。四年後，被選入附設炮隊隨營武備學堂第一期學習。畢業後留任教習，深得該學堂監督段祺瑞的賞識和器重。
一九零二年任北洋軍政司（後改北洋督練公所）參謀處提調，後改任浙江新軍標統。一九零九年 ，經段薦舉，調任雲南清軍第十九鎮總參議，後任段祺瑞第二路軍的總參謀。
這是個爲中國從專制和平過渡到民主共和中做出過特殊貢獻的人，他也因此而名聲大振。辛亥革命後，南北和談期間，段祺瑞曾和南方軍方開第二條談和通道，就是由靳雲鵬具體操作的。從此，更成爲段祺瑞的親信。
一九一二年七月經段祺瑞舉薦，靳雲鵬任第五鎮統制，並會辦山東軍務。同年九月授陸軍中將，經段祺瑞向袁世凱保薦，再任北洋軍第五師師長，一九一三年八月暫行代理山東都督，並加陸軍上將銜，十二月正式任命。兩年後，又被袁世凱任命爲泰武將軍，督理山東軍務。
一九一五年，袁世凱密謀稱帝，九月十五日，他曾參與十四省將軍聯名電請袁世凱登基。一九一五年十二月被袁授封一等伯爵。
他在心底是不贊成復辟帝制的。一九一六年四月，和反袁護國相呼應，他密電各省，準備聯名通電袁取消帝制，因人告密而遭袁忌恨。於五月三十日被袁世凱邊緣化調將軍府。但因禍得福，獲“反對帝制”的美名。
靳平素事母至孝，而靳老夫人雖目不識丁，但卻是個品德高潔之人。其兩子雖已大貴，靳家家風仍極樸厚，袁世凱在日對靳母讚不絕口。
有記載：每逢袁家請靳母吃飯，這位老太太必帶四包禮物：“雞蛋十個，豆腐四塊，煎餅六斤，鹹菜一罐。”而禮單上則寫的是：“吉子十個，都福賜快，堅兵祿金，賢才一貫。袁世凱必親自點收，即席大嚼，賓主稱快”。
靳雲鵬從政的同時，也致力於辦實業，特別是晚年。曾與日本大倉系財閥合辦膠東魯大礦業公司，代表中方出任理事長兼總經理。還在濟寧、濟南等地廣置房宅和田產，又與人合夥投資在濟南開設魯豐紗廠，還在濟寧等地開辦電燈公司、濟寧麪粉公司等企業。據不完全統計，從一九零八年到一九二六年的十八年中，他獨家投資或合夥經營企業有二十多家，擁有資產六千五百萬元之多。
靳雲鵬是屬於白手起家之人，當上國務總理這年剛剛四十歲。
靳雲鵬雖然是段祺瑞的四大金剛之一，皖系的大將，但他不像段和小徐一樣到處樹敵，而是待人以誠而遊走各方。
除了和奉系首領張作霖及直系曹錕有特殊關係外，因爲是山東人，和直系的實力分子王佔元、吳佩孚又有同鄉之誼。
在馮（國璋）、段（祺瑞）之間他曾起過橋樑作用，又是曹（錕）、張（作霖）之間的媒介。
他還透過吳佩孚和西南示好，策動全國名流舉行和平聯席會議。預定的人選有：直隸嚴修，江蘇張謇，浙江錢能訓，安徽龔心湛，湖北周樹模，湖南熊希齡，江西李盛鐸，陝西于右任，廣東唐紹儀，廣西岑春煊，雲南張耀曾，貴州朱啓鈐，福建張元奇。
這也就使得他能贏得多方面的支持。
靳雲鵬的抱負是要促成直皖兩系重歸於好，進而促成南北和議。他有一個打算，想請吳佩孚出任北方總代表，曾派吳光新到衡陽拜訪吳佩孚。他認爲吳佩孚和西南方面已連成一氣，如果吳出面，和談是會達成圓滿結果的。
這時，正值王揖唐在上海四處碰壁，王卻揚言不離滬，不辭職。
靳聽了冷笑說：“看你冷板凳坐到幾時？”
靳雲鵬組閣是安福系最失落的事，也是徐樹錚最不利的時候。幸而小徐在外蒙古立了大功，回到北京還有威風。
小徐去西北，本是大徐一個調虎離山之計，只是想把他充軍到外蒙古，免得他在北京搞風搞雨，怎知卻給了小徐一個立大功翻身的機會。
當小徐第一次由庫倫返京時，帶了外蒙請求撤治的全捲來。他的架子真大，國務院請他列席報告，他竟派楊志澄代表參加。
雖然這個時候小徐的死敵靳雲鵬主政國.務.院，儘管很不情願，但迫於情勢，無法不接受小徐的要求，裁撤了庫倫都護使，外蒙問題悉由籌邊使全權辦理。