1303年8月，兩位宗王的使者到北京宮廷表示效忠，這是十分重要的一步，它再次把窩闊臺和察合臺的兀魯思置於拖雷家族的藩屬地位而恢復了蒙古的統一。接着，都哇和察八兒之間發生爭吵；都哇囚禁了察八兒，逼他交出東、西突厥斯坦。都哇死後，察八兒約於1309年進攻都哇之子、繼承者怯伯汗，企圖以此恢復窩闊臺兀魯思對察合臺兀魯思的霸權，但是，他被怯伯開打敗，除了逃到中國大汗處避難外，別無選擇。窩闊臺兀魯思就這樣結束了。40年來，窩闊臺家族在它的基地塔爾巴哈臺的葉密立河畔統治着中亞，並與拖雷家族的命運抗衡。忽必烈的王朝，即中國的元朝，作爲其他蒙古汗國的唯一的宗主而存在。北京成爲遠至多瑙河和幼發拉底河的世界之都。
在當時忽必烈爲了加強對海都的防備，同時也爲了使察合臺汗國重新歸附在中央政權的直接控制之下，於公元1271年，命駐守在和林地區的北平王那木罕，將其所統率的軍隊推進至至天山北路，駐紮在阿力麻裡。這一決策雖然加強了西北邊防，但同時也削弱了漠北的守舊勢力，但卻便拖雷系的反對派諸王得以雲集在平叛的前線。據後來駐屯軍的陣容部署，駐屯軍右翼諸王有蒙哥庶子昔裡吉、蒙哥嫡孫撒裡蠻、阿里不哥長子藥木忽兒、阿里不哥二子明理帖木兒與歲哥都之子脫帖木兒等，他們幾乎都曾經屬於過阿里不哥派。忽必烈低估了這些勢力對自己的不滿與反感，低估了他們有可能利用平叛前一觸即發的形勢，進而擴大反叛朝廷活動的危險性。這樣便爲昔裡吉之亂留下了可乘之機。由於當時伯顏不能移軍北征，忽必烈擔心那木罕孤懸敵中，所以經過再三思量採取了重臣馭邊之策。在公元1275年科，派右丞相安童以行中書省、樞密院事銜，前往阿
力麻裡，輔佐那木罕。不料，安童雖然爲人厚重，但其絕非治邊之才，缺乏直轄市視師的經驗，加上那木罕少不更事，年輕識差，在波雲詭譎和複雜多變的前線，他們顯然難以應付。公元1276年夏，安童協助那木罕，發兵攻襲海都黨羽，諸王忽部曲，掠其輜重，海都惱怒，忽必烈遣使招諭未果。海都當時的勢力轉盛，那木罕部下諸將多與海都相通，相繼引兵離去。就是在這種緊要關頭的時候，反叛諸王藉口安童在供應軍餉的時候沒有分給他們，在這一年的秋天，乘夜劫了北平王的王營將那木罕與他的弟弟闊闊出以及丞相安童一齊逮捕。蒙哥的庶子昔裡吉早就心存異志，對忽必烈奪取汗位一直心存不滿，又使他們聽命於那木罕，並受安童的鉗制，更加的憤憤不平，他欣然領頭髮動了叛亂，就是想借助海都的勢力，以使齊心協力，反叛元朝，所以他們主動與海都等通好，將那木罕和闊闊出交給了欽察汗忙哥帖木兒，將安童交給了海都。他們滿心以爲海都一定會出兵，不料海都當時採取的是坐山觀虎鬥的立場，根本就沒有答應出兵。昔裡吉在得不到西北叛王的支持下，只得引軍東竄並且散佈了謠言，說海都、忙哥帖兒與自己結盟，將隨後一起出動。並且突然發起了進攻，攻佔了謙謙州，襲殺了萬戶伯八，挽留了五部斷事官劉好禮。在第二年，又進圍和林。
在這次叛亂當中，過去支持過阿里不哥的守舊諸王，包括阿里不哥系、蒙哥系和闊列堅系的諸王，除牙忽都外，幾乎全部參與進去。叛亂一度蔓延至北邊的翰亦剌部、應昌的弘吉剌部，以及河西、六盤山等地，也有一些諸王舉兵反叛響應。忽必烈感到事態緊急，急調徵宋主將伯顏、阿術、別吉里失等回師北征，分別擊潰了各支叛軍，穩定了漠南北的局勢。不久，遭到拘捕的皇子
那木罕、闊闊出和丞相安童分別被禮送回朝。隨着昔裡吉大軍的大敗西逃，遠軍相繼收復了和林地區。在公元1281年二月，鑑於北邊的防禦體系空虛，忽必烈又是命皇太子真金撫軍漠北。並派伯顏隨從。當時北邊急待整理恢復，尤其需要建立一個直接受命於中央政府的有權威的軍政管理機構，因此，和林宣慰司的設置，當是真金此行的結果。在十月，他們在駐邊半年之久後，便回到了大都。經過這次叛亂之後，忽必烈吸取了了深刻的教訓，決心把蒙哥系、阿里不哥系諸王從蒙古本土清洗出去，爲此，他又恢復了初期實行的宗王出鎮制度，改派自己的直系宗王駐守漠北地區。在第二年，忽必烈將獲釋的那木罕，從北平王改爲北安王。在公元1284年，又授他北安王印，並再次派他鎮守蒙古本土。從此形成了由忽必烈直系宗王帶兵鎮守北邊，直接控制蒙古地區的政治體系。
正當西北叛亂的時候，諸王乃顏又在遼東發動了叛亂。乃顏出生於一個有功於元朝，享有很高聲譽的家族。他是成吉思汗小弟鐵木哥翰赤斤的後代。他的祖父就是率先擁戴忽必烈爲大汗的塔察兒國王。乃顏家族不僅在實際上取得了鎮守遼東的藩王地位，而且還攫取了大興安領東邊的大片地區作爲自己的直屬分地。其權勢之重，時所僅見。封地之廣，屬民人戶之衆，位居諸王之冠。在東道諸王中，其地與戶，以二十爲率，其乃顏得九。自翰赤斤至乃顏已歷五世，父子祖孫兄弟雄踞遼東，前後已經有五六十年之久，早有輕慢朝廷之心，形成了一股同中央政權相抗衡的地方割據勢力。及少年氣盛的乃顏繼位爲國王，尤其狂妄之極。乃顏家族在遼東的割據統治，造成了中央政令難以順利通行，以致使者傳旨意，由於遼東多親王，地方官吏只得站在一旁立聽。
（本章完）