朱元璋和林峰一戰損失了十萬明軍精銳的消息傳到了南方，一瞬間，南方的局勢瞬間便崩盤了。各地豪強盡皆開始對朱元璋的態度更加冷淡了，好一點的只是偷稅漏稅，壞一點的有勢力的甚至開始拒絕交稅，甚至擁兵割據一方，對朱元璋的話是愛理不理。地方豪強更是變本加厲的剝削老百姓，以至於南方的農民起義也是層出不窮。這還不是最壞的，最壞的是很多朝中重臣也開始和起義軍甚至世家靠攏，利用手中的條件迫使朝廷做一些讓步。
朱元璋知道不能在放任局面這麼下去，否則不需要林峰打過來，自己就先崩盤了。於是，朱元璋成立臭名昭著的東廠、西廠和錦衣衛。東廠監督百官的作爲和言行，西廠主要收集民間老百姓的看法，錦衣衛負責刺探情報和暗殺起義軍首領。東、西兩廠和錦衣衛制度確立以後確實緩解一些矛盾。比如，錦衣衛收集民間言論，有個老百姓說自己吃不飽、穿不暖，說某個官員貪贓枉法。錦衣衛將情況反饋給東廠，東廠在通過一些特殊渠道來對那名官員來進行調查。如果最後確認那個官員真的是那樣，東廠馬上對其實行抓捕不需要通過上面審批。
結果，事情就出在了錦衣衛制度之上。京城有人謠傳胡惟庸造反，錦衣衛的首領恰好和胡惟庸有點恩怨。於是，錦衣衛便開始了對胡惟庸的陷害，但誰知道這場陷害案引起來多大的連鎖反應。其牽連之廣，比之前世有過之而無不及。
起因是這樣的，錦衣衛受皇帝之命調查胡惟庸的表弟，結果被胡惟庸發現了。胡惟庸當即暴跳如雷，胡惟庸從很早就跟隨了朱元璋了，當真是勞苦功高。胡惟庸一向驕橫，尤其是現在朱元璋不得不倚重胡惟庸的時候他當場命人殺死了這位在場的錦衣衛。無巧不成書，這名死的錦衣衛正好是錦衣衛統領的親弟弟，那位統領當場沒有發作，但心裡已經憋下了這款惡氣。沒有過多長時間，就有老百姓說胡惟庸貪贓枉法，錦衣衛統領便命令下面人開始去收集證據。朱元璋也想給胡惟庸一個教訓，再加上朱元璋本身也比較痛恨貪官，就默認了錦衣衛便宜行事。結果誰也沒有想到這場普通的案件給大明官場帶來多麼嚴重的影響。原來在朱皇帝默認錦衣衛搞事的情況之下，再加上兩者之間本來就有齷齪，錦衣衛可謂是把天都給捅破了。錦衣衛最後調查出來胡惟庸不僅貪贓枉法，還在朝堂之中結黨營私，現在朝堂之上很多官員都是胡惟庸的門徒要不然就是他舉薦的。最可怕的是，錦衣衛查出來胡惟庸和那些起義軍之間有勾結。
但這些證據送到朱元璋面前，朱元璋冷汗都嚇出來了，朱元璋當即下令將胡惟庸全家斬首示衆。而且這一次胡惟庸案牽連了很大一部分朝廷官員都跟着倒了黴。重一點的發配邊疆，輕一點也都是遭了牢獄之災。
一個朝中一品大員連個審判程序都沒有就直接殺了，而且很多被牽連的人和胡惟庸都只見過一兩次面。所以，朱元璋這一次可謂是走了一步臭棋。這麼搞下去，也弄得整個大明所有官員每日都戰戰兢兢、如履薄冰。