朱顯波帶領大明軍隊勝登陸，包圍了赤嵌城荷軍，並割斷了赤嵌城與臺灣城之間的聯繫。當時，坐鎮赤嵌城的荷軍司令官描難實統帥下兵力約400人，龜縮在臺灣城中的荷蘭侵略軍長官揆一屬下兵力約有1100人，戰艦和小船各兩隻。荷軍兵力雖弱，但氣焰囂張侵略者狂妄叫囂“二十五個中國人合在一起還比不上一個荷蘭兵”，“只要放一陣排槍，打中其中幾個人，他們便會嚇得四散逃跑，全部瓦解”。
荷蘭人沒錯，他們對自己的洋槍有信心，但是他們不知道朱顯波也有那玩意，而且有很多，射程也不差，因此荷蘭人的失敗似乎一開始就註定了。朱顯波聽到當地老百姓傳出的荷蘭人吹牛時，得意的笑了，情報啊，荷蘭人還是輸在情報上。
揆一妄圖憑藉其船堅炮利和城堡堅固，分三路嚮明軍實施反撲：一路分戰艦向停泊在臺江的中國船隻進攻，一路由貝德爾上尉（又名拔鬼子）率兵2400人抵抗從北線尾登陸的明軍，一路由阿爾多普上尉率兵力200名乘船增援赤嵌城。我軍從禾寮港登陸紮營後，即遭到赤嵌城荷軍的炮擊。
同時，荷軍又放火焚燒馬廄、粟倉。於是派傷不起等率軍前往看守堵御。接着，調整了部署：命令穆友前、龍康仔率領統船控制鹿耳門海口，以便接應第二梯隊登陸；令宣教前鎮陳澤率兵防守北線尾一帶，以保障主力側後安全，並置臺灣城荷軍於腹背受敵的境地，另派兵一部監視臺江江面，切斷赤嵌城與臺灣城的聯繫，爲從海、陸兩面打敗荷蘭侵略軍的反撲作好了準備。
三月初三，在北路發生了北線尾陸戰。北線尾是一個不到一平方公里的沙洲，南端與臺灣城相對，北端臨鹿耳門航道。荷軍貝德爾上尉趁我軍剛剛登陸，率領2400名士兵，乘船沿臺江岸邊急駛北線尾，上岸後即分兩路嚮明軍反撲。貝德爾指揮荷軍以12人爲一排，疏開戰鬥隊形放排槍，逼近明軍。
朱顯波親率大部兵力從正面迎擊，另派一部分兵力迂迴到敵軍側後，夾擊荷軍。貝德爾發現自己腹背受敵，手足無措。他所指揮的荷軍士兵的勇氣，這時則完全爲恐懼所代替，許多人甚至還沒有開火便把槍丟掉了。他們抱頭鼠竄，落荒而逃。明軍乘勝猛攻，將荷軍“一鼓而殲”，“夷將拔鬼子戰死陣中，餘夷被殺殆盡”。
南路增援赤嵌城的荷軍，也被明軍戰敗。這支2000人組成的援軍由阿爾多普上尉率領，乘船沿臺江南岸駛往赤嵌城，企圖爲描難實叮解圍。我軍發現後，立即出動火槍隊軍還擊。2000名荷軍士兵只有600名爬上岸，當即被火槍軍消滅。阿爾多普率殘部逃回臺灣城。
阿爾多普出援失敗，赤嵌城守敵越發着急。描難實叮派人前往臺灣城，要求揆一再派千餘人救援赤嵌城。評議會研究，臺灣城的處境危險，兵力不足，“如果再派出一支援軍，則用以保衛熱蘭遮城堡及其周圍地區的全部後備軍將不足5000名。而這支隊伍又是戰鬥力最弱、最缺乏作戰經驗的士兵所組成的，所以決定拒絕普羅文查要塞司令的請求”。荷蘭海軍以僅有的兩艘戰艦和兩艘小艇阻擊明軍。荷軍戰艦船體很大，設備先進。看來是看家的東西了，朱顯波也不敢怠慢，主要是不想放跑荷蘭人。
明軍以20艘戰艦船包圍荷蘭戰艦，朱顯波將三百特種部隊也分派到各戰船上。荷艦“赫克託”號首先開炮，其他戰艦也跟着開火，明軍軍水師個個奮勇爭先。經過激烈戰鬥，“赫克託”號被擊沉。其他戰艦企圖逃跑，又被明軍艦船緊緊包圍。
明軍用六戰艦尾追“格拉弗蘭”號和“白鷺”號，展開接舷戰、肉搏戰。英勇的明軍特種士兵冒着敵人的炮火爬上“格拉弗蘭”號，砍斷船靠，又用鐵鏈扣住敵艦船頭斜桅，放火焚燒。“格拉弗蘭”號和“白鷺”號受重創掙脫逃跑，通信船“伯瑪麗亞”號戰敗後逃往巴達維亞。
荷蘭海、陸作戰均告失敗，赤嵌城和臺灣城已成爲兩座孤立的城堡，相互間的聯繫完全割斷。荷方承認，當時赤嵌城守軍“力量單薄，處境危急”，熱蘭遮城堡也由於地勢關係，難以堅守，熱蘭遮市區更是完全處於敵軍的包圍和控制之下。
朱顯波隨即加緊對赤嵌城的包圍。該城周圍45丈，高3丈6尺，城牆上有4座炮樓。四月三日，個軍的士兵在赤嵌城外抓到了描接着，又派部將楊朝棟和翻譯吳邁、李仲前往勸降，表示絕對不會加害他們，並允許荷蘭人帶走自己的財產。四月四日，赤嵌城的水源被臺灣人民切斷。描難實叮見援兵無望，孤城難守，不得不掛白旗投降。這樣，我們在登陸後第四天，就收復了赤嵌城。
描難實叮投降後，傷不起奉命前往臺灣城勸揆一無條件投降，遭到揆一拒絕。朱顯波與諸將分析形勢，認爲不給侵略者以迎頭痛擊，敵人是不肯投降的，於是命令軍隊從鯤南端登陸。
“各位將士要做好打持久戰的準備，同時要敢於打殲滅戰，絕對不能放過一艘荷蘭船，一個人荷蘭人。大家都按計劃去部署吧。”朱顯波吩咐完明軍，又借貸了臺灣當地居民代表，一方是給予感謝和鼓勵，另一方面當時希望給予更多的支持。而臺灣人所表現出的熱情也令朱顯波感動。是啊，畢竟皇上御駕親征爲的就是驅逐荷蘭人，沒理由不支持啊。
於是朱顯波的大軍從四面圍困海上堡壘，就等荷軍獻城投降。
臺灣城是荷蘭殖民者在臺灣的統治中心，城堡堅固，防禦設施完整。城周長200多丈，高3丈多，分3層，下層深入地下1丈多，“城垣用糖水調灰壘磚，堅於石”。城四隅向外突出，置炮數十尊。荷軍炮火密集，射程遠，封鎖了周圍每條通道。城內荷軍尚有870人，憑藉城堡繼續頑抗。
但是赤嵌城被鄭軍佔領之後，臺灣城已是一座孤城，城內缺糧、缺水，荷軍處境十分困難；加之當時南信風季節剛剛開始，要等待6個月進入北信風季節後，才能將臺灣的有關情況告知巴達維亞，然後再等6個月才能利用下一次南信風季節取得巴達維亞的援助，防守更加困難。何況大明的船隊以及海盜船隊都已經能巡航東南亞了，荷蘭人的求救信送不送得出還是個問題。
明軍迫降赤嵌城後，爲了牽制臺灣城荷軍，即派兵前往七鯤設伏。荷軍行至七鯤）時，還沒來得及列陣對壘，即被明軍埋伏的特種兵沖垮，死傷過半，其餘士卒狼狽退回臺灣城。立即命令士兵立柵欄、設炮臺，加強對七鯤的防守。
自四月初以來，雙方一直進行着零星戰鬥。不是朱顯波不想打狠仗，主要還是要保存有限的大明水師力量，萬一荷蘭人千里馳援。這仗還不知道打到什麼時候呢。於是明軍一方面積極準備攻城，一方面於四月十二日和二十二日，兩次寫信給揆一，令其投降。又集中艦船大炮，於二十四日凌晨摧毀了臺灣城大部分胸牆。荷軍於城上集中槍炮還擊，並出城搶奪明軍大炮，被明軍火槍手擊退。
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