荷蘭人這時採取的方針是以1942年12月6日威廉敏娜女王的廣播演說爲根據。
女王在演說裡是這樣說的－－建議成立一個由荷蘭、印度尼西亞、蘇利南和庫拉索島參加的聯邦，參加者在內政方面完全自主，行動自由，但隨時準備相互支援。
1945年，荷蘭人並未準備超出這個相當溫和而含糊的讓步範圍從事立憲試驗。
荷蘭人從未考慮過承認一個不是荷蘭聯邦一部分的獨立的共和國，這個步驟在荷蘭人看來應予拒絕，這樣做不僅符合他們自己的利益，而且符合印度尼西亞人的利益。
在荷蘭人看來，在侈談進一步的自治之前，應該首先恢復飽受戰爭創傷的印度尼西亞經濟。
荷蘭人認爲，他們遠比那些共和派領導人更有能力執行這項任務，因爲這些共和派領導人毫無管理國家事務的經驗。
此外，荷蘭人除了真誠相信他們在東印度羣島的使命外，他們還不能不考慮到，三百年來他們本國的繁榮同印度尼西藍的經濟有着密切的關係，他們擔心共和派人士旨在剝奪荷蘭人的全部利益。
而對共和派來說，他們雖願意接受荷蘭的技術援助和投資，但他們認爲自己完全有能力掌握自己國家的發展前途。
他們認爲，在接受荷蘭技術援助和投資的條件下，他們取得獨立，並不會使荷蘭人受到物質或情神上的損失。
但是在他們看來，他們忘不了－－1942年在印度尼西亞的荷蘭政府根本不加抵抗就向日本人投降，從而使東印度羣島人民遭受了日本人的壓迫。
於是，盟軍統帥部面臨着這樣一種局面：一方面，共和派政府要求對整個羣島擁有主權
。
另一方面，荷蘭政府無疑是荷屬東印度羣島法律上的統治者，現正在要求恢復戰前狀態，以此作爲將來可能改變這塊荷蘭領地政治結構的先決條件。
然而儘管荷蘭政府的要求在法律上是無懈可擊的，但它的盟國卻認爲荷蘭政府無法承擔起完全有能力作出決定的職責。
1940年他們的祖國被敵人蹂躪，遲至1945年才最後獲得解放，現仍處於一片遭受過劫掠的境況，而且他們殖民帝國的大部分在1942年就已丟失了。
這樣，他們的處境遠遠不如法國人，例如，法國人能夠保持他們的殖民帝國的大部分未受損傷，1944年法國本國重新獲得了自由，遭受的損失相對來說是輕微的。
所以法國人能較順利地進入印度支那，而荷蘭人卻是力不從心，無法在印度尼西亞採取相應的行動。
兵力不足和船隻缺乏，因爲荷蘭的船隻正被盟國用於別的目的，使荷蘭人在當時除了派一個民政處去東印度羣島協助盟軍司令之外別無他法。
這樣，這個責任就落到了英國人身上。他們斷定最好的方法是，首先在爪哇和蘇門答臘，然後在其他島嶼的戰略要點建立橋頭堡，並用這些橋頭堡作爲基地來解除日軍武裝，拯救俘虜和被拘留者。
然而，既然大多數的俘虜和被拘留者並不是關押在主要的海港，而是關押在別的地方，所以他們感到在處理這件事上有必要同實際存在的印度尼西亞政府進行合作。
因此，英國中將司令克里斯蒂森爵士在1945年10月初一到巴達維亞就宣佈，要求現在的印尼政黨領導人給予支持，並聲明，由於他的部隊人數有限，現在的印度尼西亞當局應對它控制地區的行政工作負責。
在這個聲明以前，克里斯蒂森將軍在新加坡發表的一篇廣播演說，被荷蘭人看成是暗示荷蘭不再被承認是東印度羣島的合法統治者。
而這一聲明則似乎是給予共和派人士的政府以事實上的承認，這就更不受荷蘭人的歡迎了，因爲荷蘭人認爲，除了在感情上他們作爲英國人的盟友，理應受到一定的尊重之外
。
而且，共和派的這兩位領導人，蘇加諾和哈達，過去是同日本人合作過的。
在爪哇，英國軍隊於9月29日佔領巴達維亞，10月10日佔領萬隆，10月17日佔領三寶壟，10月25日佔領泗水。
隨後不久又佔領了蘇門答臘的棉蘭、巨港和巴東。
一開始，他們沒有遇到什麼困難，但是，一些荷蘭軍官的到達，把已被釋放的荷蘭人和荷蘭殖民軍組織到部隊中去，而荷屬東印度羣島民政處人員也從澳大利亞來到，這些情況在共和派人士心中引起了驚恐。
他們擔心舊的殖民制度會重新加在自己頭上，因此共和派政府要求，在共和國的獨立未獲得承認之前，不再允許任何荷蘭軍隊和民政處官員進入印度尼西亞——這個要求無視下述事實，即英國下院在10月17日明確聲明：英國政府只承認荷蘭政府在東印度羣島擁有主權。
也無視另一事實，即盟軍司令部10月20日在巴達維亞重申肯定荷蘭人爲合法的統治者。
盟軍司令部還警告共和派不要製造恐怖行動，這種行動已經在發生了。
司令部還勸告他們用和平手段來實現他們的目的。這些警告使得共和派領導人同意和荷蘭人進行接觸。
爲此，他們重新改組了行政體制。
l1月14日取消了總統行政委員會，設立了憲法中沒有考慮過的總理職務，任命蘇丹－沙里爾爲總理；雖然他是一個民族主義者，但他沒有和日本人合作過。
從那時起，就對荷蘭人和英國人的關係來說，沙里爾處在政治舞臺的前面，而和日本人合作過的蘇加諾和哈達留在幕後。
在談判正式開始之前，一陣目無法紀的浪潮席捲整個爪哇。雖然共和國已經掌握了政府機構，但在其成立後的幾個星期裡，共和國覺得很難控制那些自稱是它的支持者們。
1942年，日本人的嚴厲控制取代了荷蘭人的溫和統治，然而當日本人的統治又被取消，一個完全新的政權正在建立起來時，有效的行政管理有一段脫節現象。
在這種情況下，不可避免地會有騷亂的機會，一些壞人或搗亂分子——這種人在每一個國家裡都有——就趁機混水摸魚了
。
盟軍首批登陸後不久，在巴達維亞不時出現過動亂。
但在泗水，這樣的風波第一次變得嚴重起來。
10月25日盟軍在該港口登陸，三天以後，動盪的局勢使得盟軍司令要求在30日之前交出所有非法持有的武器。
這一命令和宣佈建立軍事管制的公告，引起了戰鬥的爆發。城裡的盟軍據點遭到了有組織的襲擊。
儘管蘇加諾同意停火命令，並親自出面干預，但襲擊仍然在繼續。一批荷蘭婦女和兒童在去碼頭的途中遭到了襲擊，大部分婦女和兒童被殺害。
護送他們的英一印軍隊進行了戰鬥，直到彈盡糧絕，然後幾乎全部被俘，並同樣遭到殺害。
與此同時，馬拉比准將在設法執行停火命令時被殺。
據估計，這時在泗水除了二萬名用日本武器裝備得很好的共和派人員外，還有十萬名共和派的人擁有各式各樣的武器。
10月31日，克里斯蒂森將軍發出警告說，如果不停止戰鬥，不交出殺害馬拉比准將的兇手，就要採取行動。
他的這些要求得不到任何反應，於是他在11月9日發動重大的軍事行動。
經過十天的戰鬥，英國軍隊控制了泗水的局勢。
在巴達維亞也同樣出現了嚴重的動亂，並且繼續發生，直到12月，一個英國傘兵旅到達，纔有可能使該地恢復和平。
萬隆及盟軍佔領的其他城市也經歷了同樣的過程。
到12月5日止，英軍和英一印軍的傷亡達916名，其中死亡145名，由此可見這些動亂的嚴重程度。
另外，英國人試圖到內地去拯救那些被關押的俘虜和拘留者，也遭到武力抵抗而無法進行。