由於印度尼西亞國內和荷蘭國內都發生混亂，談判被推遲下去。
在印度尼西亞，由老革命家陳－馬六甲領導，在6月29日發動政變，沙里爾被綁架，接着是一場大混亂。
但是蘇加諾重新掌握了行政控制權，宣佈國家處於緊急狀態，發動政變的首領都被抓了起來，沙里爾獲澤。
與此同時，在荷蘭正在舉行普選。
從5月21日內閣辭職之日起，到7月2日新的天主教—工黨聯合內閣組成，這一段時間內，印尼局勢的解決不可能有任何進展。
天主教黨有強有力的代表權的一個荷蘭政府的組成，並沒有使荷蘭對印尼的政策立即發生改變
。雖然它對以後的發展有一定的影響。
範穆克現在受權執行1946年2月10日的計劃。
雖然荷蘭人在共和國所控制的那些地區無法進行活動，但在羣島的大部分地區，執行他們的政策沒有遇到阻礙。
現在有相當數量的荷蘭部隊已到達印度尼西亞，在爪哇、蘇門答臘和馬都拉以外的地區負起了軍事責任，沒有遇到多少抵抗。
但在這三個島上，則僅據有橋頭堡，並在這些島嶼的每島周圍經常發生敵對行動。
由於荷蘭軍隊的到來，英國軍隊於5月份開始撤退。
到7月13日，在除了爪哇、蘇門答臘和廖內以外的所有地區，荷蘭軍隊和荷蘭殖民軍已取代了英國軍隊。
在爪哇，幾乎每天出現同共和國游擊隊的零星衝突，英國軍隊早已把泗水、三寶壟和萬隆移交給荷蘭了。
撤離拘留者的工作也取得了很大進展，根據同印度尼西亞共和國的協商，在爪哇中部的日本投降人員已置於盟軍的控制之下。
除爪哇、馬都拉和蘇門答臘之外，荷蘭正在有效地行使着權力，範穆克並能在7月16日在望加錫附近的馬利諾召開一個大會，由來自婆羅洲、西里伯斯、摩鹿加羣島、小巽他羣島、邦加、勿裡洞和廖內等地的代表參加。
爪哇和蘇門答臘被排除在被邀請名單之外，理由是那些島上的局勢使人們不可能自由地表達他們的意願。
另一方面，共和派人士則認爲，那些參加會議的代表只不過是荷蘭的傀儡，範穆克這次行動的幕後意圖是要建立一個敵對組織，以便使人看來印度尼西亞共和國不是印度尼西亞民族主義唯一的代表。
雖然參加馬利諾會議的成員是由地方委員會或議會挑選產生的，但看來荷蘭當局確實對候選人行使了某種形式的否決權。
馬利諾會議主張建立一個聯邦國家，取名爲－－印度尼西亞合衆國，由四個成員國組成，即爪哇，蘇門答臘（顯然包括邦加、勿裡洞和廖內）、婆羅洲和大東（即西里伯斯、摩鹿加羣島和小巽他羣島）
。
印度尼西亞合衆國爲建立政府機構，還需要有一段同荷蘭王國合作的時期，如果沒有這樣一個階段，印度尼西亞合衆國就不可能就荷蘭和印尼未來的關係應在什麼基礎上繼續發展這一問題作出一個自由和獨立的決議。
同時，荷蘭和印度尼西亞合衆國間還需要有持久的、自願的作。
會議並同意婆羅洲和大東的代表應該參加將來同共和國政府進行的任何談判。
婆羅洲、大東、邦加、勿裡洞和廖內將成立一個總政府委員會，準備憲法改革的措施。
這些建議後來於1946年10月1日在檳港由主要少數民族即歐洲人、華人和阿拉伯人的代表召開的會議上得到批准。
遵照在馬利諾定出的原則，於8月24日成立了一個婆羅洲和大東問題諮詢委員會，該委員會由六個負責政府各部門的荷蘭人和七個印度尼兩亞人組成。
10月3日，諮詢委員會決定，婆羅洲和大東兩邦，在與爪哇和蘇門答臘達成協議之前，應有自己的中央組織。
因此，共和派不僅面臨着建立一個把蘇門答臘從爪哇分割出去的印度尼西亞聯邦的建議——這個建議是與他們的論點即蘇門答臘和爪哇是一個共和國的不可分割的部分這一原則相違背的，而且還面臨着一個萌芽中的聯邦制度的形成，而這個聯邦是共和派目前無權參與的。
很明顯，荷蘭鼓勵成立許多小型的政府單位而不贊成統一的自治的印度尼西亞的政策，是投合大多數外省頭面人物的心理的。
但是。雖然荷蘭的政策可以被認爲是企圖分割和削弱民族主義運動，也應看到，參加馬利諾會議的各地區的代表們無論在當時或以後都並不是盲目追隨荷蘭的主張的。
即使在馬利諾，人們也批評荷蘭的戰前經濟政策，並通過決議，要求把爪哇銀行收歸國有，結束荷蘭皇家輪船公司對島嶼之間的航運業的壟斷。
馬利諾會議以後不久，在8月13日，沙里爾重新行使其共和國總理的職權
。
這時爲了吸收一些馬斯友美黨的成員進入共和國內閣，內閣進行了改組。
雖然馬斯友美黨人的加入，毫無疑問是有利於共和國的統一事業的，但是他們反對荷蘭的傾向，對同荷蘭政府達成協議來說，卻是一個新阻礙。
再則，荷蘭與印度尼西亞武裝部隊在爪哇和蘇門答臘繼續發生摩擦。
爲了報復盟軍的進攻行動，印度尼西亞共和國於7月24日停止對被拘留者的撤退工作，被拘留者有三萬人仍留在共和國手中，結果使得營救工作停頓了兩個月。
1946年8月，荷蘭議會通過法律，決定設立一個總委員會代表政府，同印度尼西亞共和國談判，這個委員會被授予很大的權力，它不必象範穆克那樣經常需要向海牙請示。
從荷蘭派來的總委員會的三個成員，即舍默爾霍恩、前總理範波爾和前荷蘭海運公司董事德博爾，於9月17日到達巴達維亞，在那裡與另一個成員範穆克會合。
英國政府方面委派它在東南亞的特別專員基勒恩勳爵作爲調停人。基勒恩勳爵訪問了爪哇，安排從9月27日開始繼續撤退被拘留人員。
他同印度尼西亞共和派和荷蘭人都進行了討論，10月間，他主持了由沙里爾率領的共和國代表團和荷蘭總委員會之間的會議。
此外，成立了三方面的停戰委員會，10月14日，該委員會同意，現有的軍事部署應予保持，各個方面的部隊不應該增加到超過他們的現有人數，聯合委員會在條件可能時，應儘快發佈停火令。
實際上，停火令是在11月4日發佈的。
政治談判要求各有關方面具有高度的政治家氣派。
共和派現在不得不至少暫時放棄建立單一的印度尼西亞國的任何希望，不得不承認有必要成立聯邦，其中大部分外省將組成不同於共和國而與共和國具有平等地位的成員國。
但是他們不準備接受在馬利諾會議上制定的原則，即蘇門答臘應該脫離爪哇，荷蘭人表示願意承認這一點。